一種PIK3R1基因突變檢測特異性引物和液相芯片制造技術

本發明專利技術公開了一種PIK3R1基因檢測特異性引物和液相芯片，該液相芯片主要包括有：每種由5’端的tag序列和3’端針對目的基因突變位點的特異性引物序列組成的ASPE引物，所述特異性引物序列為：針對G376R位點的SEQ?ID?NO.13及SEQ?ID?NO.14；針對N564D位點的SEQ?ID?NO.15及SEQ?ID?NO.16；針對delH450-E451位點的SEQ?ID?NO.17及SEQ?IDNO.18；針對delK459位點的SEQ?ID?NO.19及SEQ?ID?NO.20；針對delY463-L466位點的SEQID?NO.21及SEQ?ID?NO.22；和/或針對M326I位點的SEQ?ID?NO.23及SEQ?ID?NO.24；有anti-tag序列包被的微球；擴增引物。本發明專利技術所提供的檢測液相芯片的檢測結果與測序法的吻合率高達100％，實現多個突變位點的野生型和突變型并行檢測。

【技術實現步驟摘要】
—種PIK3R1基因突變檢測特異性引物和液相芯片
本專利技術屬于分子生物學領域，涉及醫學和生物技術，具體的是涉及一種PIK3R1基因突變檢測特異性引物和液相芯片。
技術介紹
憐酸肌醇3 激酶，調控亞基 I (phosphoinositide-3-kinase, regulatory subunit 1，ρ85α , PIK3R1)分布于細胞內的磷酸肌醇3激酶復合體，分子主要功能為胰島素受體結合、胰島素樣生長因子受體結合、磷脂酰肌醇結合、激酶等，參與細胞內信號轉導級聯、胰島素受體信號轉導途徑、磷酸肌醇磷酸化、胰島素樣生長因子受體信號轉導途徑。有研究表明，PIK3R1基因是一種重要的藥物療效靶標，該基因的突變將會影響PIK3R1蛋白酶活，從而影響藥物療效。目前，對PIK3R1基因突變進行檢測和分析的方法很少，主要有直接測序法和 PCR-RFLP分析法，其中最常用的方法有PCR-RFLP分析法。PCR-RFLP法是基于基因突變造成的限制性內切酶識別位點的改變，如位點丟失或產生新位點，通過PCR擴增某一特定片段，再用限制性內切酶酶切擴增產物，電泳觀察片段的大小，這種方法用于檢測酶切位點改變的基因 突變，可直接判斷基因型，但該法不能用于沒有產生新酶切位點的基因突變檢測。 再次，以上這些方法都存在著檢測通量的局限性，每次只能檢測一種突變類型，不能滿足實際應用的需要。
技術實現思路
本專利技術的目的之一是提供PIK3R1基因突變檢測液相芯片，該液相芯片可用于單項或者并行檢測PIK3R1基因六種常見基因型G376R、N564D、delH450_E451、delK459、 delY463-L466和M326I的野生型和突變型。實現上述目的的技術方案如下一種PIK3R1基因突變檢測液相芯片，包括有(A).針對PIK3R1基因不同突變位點分別設計的野生型和突變型的ASPE引物每種ASPE引物由5’端的tag序列和3’端針對目的基因突變位點的特異性引物序列組成，所述特異性引物序列為針對G376R位點的SEQ ID NO. 13及SEQ ID NO. 14 ;針對N564D位點的 SEQ ID NO. 15 及 SEQ ID NO. 16 ;針對 delH450_E451 位點的 SEQ ID NO. 17 及 SEQ ID NO. 18 ;針對 delK459 位點的 SEQ ID NO. 19 及 SEQ ID NO. 20 ;針對 ddY463_L466 位點的 SEQ ID NO. 21 及 SEQ IDN0. 22 ;和 / 或針對 M326I 位點的 SEQ ID NO. 23 及 SEQ ID NO. 24 ； 所述 tag 序列選自 SEQ IDN0.1 SEQ ID NO. 12 ；(B).有ant1-tag序列包被的、具有不同顏色編碼的微球,所述ant1-tag序列與微球連接中間還設有間隔臂序列；所述ant1-tag序列選自SEQ ID NO. 25 SEQ ID NO. 36， 且所述ant1-tag序列能相應地與(A)中所選的tag序列互補配對；(C).用于擴增出需要檢測的、具有相應突變位點的目標序列的引物。優選地，所述擴增引物為針對G376R位點的SEQ ID NO. 37及SEQ ID NO. 38 ;針對N564D位點的SEQ ID NO. 39及SEQ ID NO. 40 ;針對delH450-E451、delK459、delY463_L466位點的 SEQ ID NO. 41 及 SEQ ID NO. 42 ;和 / 或針對 M326I 位點的 SEQ ID NO. 43 及 SEQ ID NO. 44。優選地，所述ASPE引物為針對G376R位點的由SEQ ID NO.1和SEQ ID NO. 13組成的序列以及由SEQ ID NO. 2和SEQ ID NO. 14組成的序列；針對N564D位點的由SEQ IDNO. 3和SEQ ID NO. 15組成的序列以及由SEQ ID NO. 4和SEQ ID NO. 16組成的序列；針對delH450-E451位點的由SEQ ID NO. 5和SEQ ID NO. 17組成的序列以及由SEQ ID NO. 6和SEQ ID NO. 18組成的序列；針對delK459位點的由SEQ ID NO. 7和SEQ ID NO. 19組成的序列以及由SEQ ID NO. 8和SEQ ID NO. 20組成的序列；針對ddY463_L466位點的由SEQIDN0. 9和SEQ ID NO. 21組成的序列以及由SEQ ID NO. 10和SEQ ID NO. 22組成的序列；和/或針對M326I位點的由SEQ ID NO. 11和SEQ ID NO. 23組成的序列以及由SEQ ID NO. 12和SEQ ID NO. 24組成的序列。本專利技術的另一目的是提供用于PIK3R1基因突變檢測的特異性引物。實現上述目的的技術方案如下用于PIK3R1基因突變檢測液的特異性引物，其為針對G376R位點的SEQID NO. 13 及 SEQ ID NO. 14 ;針對 N564D 位點的 SEQ ID NO. 15 及 SEQ ID NO. 16 ;針對delH450-E451 位點的 SEQ ID NO. 17 及 SEQ ID NO. 18 ;針對 delK459 位點的 SEQ ID NO. 19及 SEQ ID NO. 20 ;針對 ddY463_L466 位點的 SEQ ID NO. 21 及 SEQ ID NO. 22 ;和 / 或針對M326I 位點的 SEQ IDN0. 23 及 SEQ ID NO. 24。本專利技術的主要優點在于1.本專利技術所提供的檢測方法與測序法的吻合率高達100%。且檢測所需要的時間遠遠低于常用的測序技術，特別符合實際應用需要。所制備的PIK3R1基因突變檢測液相芯片具有非常好的信號-噪聲比，并且所設計的探針以及ant1-tag序列之間基本上不存在交叉反應，tag標簽序列、ant1-tag標簽序列的選取以及tag標簽序列與具體ASPE引物的結合，能夠避免交叉反應，實現多個突變位點的并行檢測。2.本專利技術通過專利技術人長期積累的設計經驗和大量的實驗操作，從眾多的特異性引物中選取了最優的組合。本專利技術設計的ASPE引物特異性引物能夠靈敏特異地識別目標檢測的突變位點，準確區分各種型別的基因型；在同一個反應體系中，不同的特異性引物之間、特異性引物與非目標檢測的PCR擴增產物之間基本上不存在交叉反應，檢測特異性好，交叉反應率低于3% ;除了能夠檢測單個位點突變情況，也能夠同時并行檢測多個突變位點的突變情況，檢測效果一致。3.本專利技術的檢測方法步驟簡單，6種突變位點檢測可通過一步PCR即可完成4條含有突變位點的目標序列的擴增，避免了反復多次PCR等復雜操作過程中存在的諸多不確定因素，因而可大大提高檢測準確率，體現了精確的同時定性、定量分析特征。4.本專利技術不僅克服了傳統固相芯片敏感性不高，檢測結果的可重復性差的缺陷，同時對現有的液相芯片技術進行改進，使得所制備微球能適用于不同的檢測項目，具有很強的拓展性。檢測的熒光信號值大大提高，從而使得檢測的靈敏度進一步得到本文檔來自技高網...

【技術保護點】
一種PIK3R1基因突變檢測液相芯片，其特征是，包括有：(A).針對PIK3R1基因不同突變位點分別設計的野生型和突變型的ASPE引物：每種ASPE引物由5’端的tag序列和3’端針對目的基因突變位點的特異性引物序列組成，所述特異性引物序列為：針對G376R位點的SEQ?ID?NO.13及SEQ?ID?NO.14；針對N564D位點的SEQ?ID?NO.15及SEQ?ID?NO.16；針對delH450?E451位點的SEQ?ID?NO.17及SEQ?ID?NO.18；針對delK459位點的SEQ?ID?NO.19及SEQ?ID?NO.20；針對delY463?L466位點的SEQ?ID?NO.21及SEQ?IDNO.22；和/或針對M326I位點的SEQ?ID?NO.23及SEQ?ID?NO.24；所述tag序列選自SEQ?IDNO.1～SEQ?ID?NO.12；(B).有anti?tag序列包被的、具有不同顏色編碼的微球，所述anti?tag序列與微球連接中間還設有間隔臂序列；所述anti?tag序列選自SEQ?ID?NO.25～SEQ?ID?NO.36，且所述anti?tag序列能相應地與(A)中所選的tag序列互補配對；(C).用于擴增出需要檢測的、具有相應突變位點的目標序列的引物。...

【技術特征摘要】

【專利技術屬性】
技術研發人員：許嘉森，郭靖，羅小笛，
申請(專利權)人：廣州益善生物技術有限公司，
類型：發明
國別省市：