本發明專利技術公開了一種NRAS基因檢測特異性引物和液相芯片，該液相芯片主要包括有：每種由5’端的tag序列和3’端針對目的基因突變位點的特異性引物序列組成的ASPE引物，所述特異性引物序列為：針對Codon?12位點的SEQ?ID?NO.18以及SEQ?ID?NO.19、SEQ?IDNO.20、SEQ?ID?NO.21、和/或SEQ?ID?NO.22；針對Codon?13位點的SEQ?ID?NO.23以及SEQID?NO.24、SEQ?ID?NO.25、SEQ?ID?NO.26、和/或SEQ?ID?NO.27；針對Codon18位點的SEQID?NO.28及SEQ?ID?NO.29；和/或針對Codon?61位點的SEQ?ID?NO.30以及SEQ?ID?NO.31、SEQ?ID?NO.32、SEQ?ID?NO.33、和/或SEQ?ID?NO.34；有anti-tag序列包被的微球；擴增引物。本發明專利技術所提供的檢測液相芯片的檢測結果與測序法的吻合率高達100％，實現多個突變位點的野生型和突變型并行檢測。
【技術實現步驟摘要】
本專利技術屬于分子生物學領域，涉及醫學和生物技術，具體的是涉及一種NRAS基因突變檢測特異性引物和液相芯片。
技術介紹
NRAS基因是RAS癌基因家族的成員，定位于I號染色體，基因全長85kb，其cDNA長約2. lkb，是一個編碼含495個氨基酸的蛋白，稱為p21Ras。RAS蛋白具有GTP/⑶P結合 的能力及GTP酶活性，它們的正常功能為G蛋白類似的調節蛋白，具有從膜結合受體到腺苷酸環化過程的信號傳導作用，參與細胞周期的正常調控。目前研究表明，N-ras基因突變在ras基因突變中出現的頻率最高，以第12/13或61密碼子突變最為常見，ras基因突變與MDS預后的關系密切相關。本專利技術所開發的NRAS基因突變檢測液相芯片涉及的突變位點如下表所示基因位點__mm__密碼子 12-w(野生型)__GGT G12S (突變型)__AGT Codonl2G12C (突變型)__TGT G12D (突變型)__GAT__G12A (突變型)__GCT 13-w(野生型)__GGT G13R (突變型)__CGTCodonl3G13D (突變型)__GATNRASG13A (突變型)__GCT__G13V (突變型)__GTTP」1β 18-w (野生型) GCACodonlS --__Α18Τ (突變型)__ACA 61-w (野生型)__CAA Q61K (突變型)__AAA Codon61Q61L (突變型)__CTA Q61P (突變型)__CCA__ Q61R (突變型)CGA目前，對NRAS基因突變進行檢測和分析的方法很少，主要有直接測序法和PCR-RFLP分析法，其中最常用的方法有PCR-RFLP分析法。PCR-RFLP法是基于基因突變造成的限制性內切酶識別位點的改變，如位點丟失或產生新位點，通過PCR擴增某一特定片段，再用限制性內切酶酶切擴增產物，電泳觀察片段的大小，這種方法用于檢測酶切位點改變的基因突變，可直接判斷基因型，但該法不能用于沒有產生新酶切位點的基因突變檢測。再次，以上這些方法都存在著檢測通量的局限性，每次只能檢測一種突變類型，不能滿足實際應用的需要。
技術實現思路
本專利技術的目的之一是提供NRAS基因突變檢測液相芯片，該液相芯片可用于單項或者并列檢測NRAS基因Codon 12的正常基因型及四種突變型G12S、G12C、G12D、G12A，Codon13的正常基因型及四種突變型G13R、G13D、G13A、G13V，Codonl8的正常基因型及一種突變型A18T，以及Codon 61的正常基因型及四種突變型Q61K、Q61L、Q61P、Q61R。實現上述目的的技術方案如下 一種NRAS基因突變檢測液相芯片，包括有(A).針對不同突變位點分別設計的野生型和突變型的ASPE引物每種ASPE引物由5’端的tag序列和3’端針對目的基因突變位點的特異性引物序列組成，所述特異性引物序列為針對 Codon 12 位點的 SEQ ID NO. 18 以及 SEQ ID NO. 19、SEQ ID NO. 20、SEQID NO. 21 和 SEQ IDN0. 22 中的一種以上；針對 Codon 13 位點的 SEQ ID NO. 23 以及 SEQ IDNO. 24、SEQ ID NO. 25、SEQ ID NO. 26 和 SEQ ID NO. 27 中的一種以上；針對 Codonl8 位點的 SEQ ID NO. 28 和 SEQ IDN0. 29 ;和 / 或針對 Codon 61 位點的 SEQ ID NO. 30 以及 SEQ IDNO. 3KSEQ ID NO. 32、SEQ IDN0. 33 和 SEQ ID NO. 34 中的一種以上；所述 tag 序列選自 SEQID NO.1 SEQ ID NO. 17 ；(B).有ant1-tag序列包被的、具有不同顏色編碼的微球,所述ant1-tag序列與微球連接中間還設有間隔臂序列；所述ant1-tag序列選自SEQ ID NO. 35 SEQ ID NO. 51，且所述ant1-tag序列能相應地與(A)中所選的tag序列互補配對；(C).用于擴增出需要檢測的、具有相應突變位點的目標序列的引物。優選地，所述擴增引物為針對Codon 12,Codon 13、Codonl8位點的SEQ ID NO. 52和 SEQ ID NO. 53 ;和 / 或針對 Codon 61 位點的 SEQ ID NO. 54 和 SEQ ID NO. 55。優選地，所述ASPE引物為:針對Codon 12位點的由SEQ ID NO.1和SEQ ID NO. 18組成的序列及由SEQ ID NO. 2和SEQ ID NO. 19組成的序列、由SEQ ID NO. 3和SEQ IDNO. 20組成的序列、由SEQ ID NO. 4和SEQ ID NO. 21組成的序列、和/或由SEQ ID NO. 5和SEQ ID NO. 22組成的序列；針對Codon 13位點的由SEQ ID NO. 6和SEQ ID NO. 23組成的序列及由SEQ ID NO. 7和SEQ ID NO. 24組成的序列、由SEQ ID NO. 8和SEQ ID NO. 25組成的序列、由SEQ ID NO. 9和SEQ ID NO. 26組成的序列、和/或由SEQ ID NO. 10和SEQ IDNO. 27組成的序列；針對Codonl8位點的由SEQ ID NO. 11和SEQ ID NO. 28組成的序列及由SEQ ID NO. 12和SEQ IDN0. 29組成的序列；和/或針對Codon 61位點的由SEQ ID NO. 13和SEQ ID NO. 30組成的序列及由SEQ ID NO. 14和SEQ ID NO. 31組成的序列、由SEQ IDNO. 15和SEQ ID NO. 32組成的序列、由SEQ ID NO. 16和SEQ ID NO. 33組成的序列、和/或由SEQ ID NO. 17和SEQ ID NO. 34組成的序列。本專利技術的另一目的是提供用于NRAS基因突變檢測的特異性引物。實現上述目的的技術方案如下用于NRAS基因突變檢測的特異性引物，其為針對Codon 12位點的SEQ ID NO. 18以及 SEQ ID NO. 19、SEQ ID NO. 20、SEQ ID NO. 21 和 SEQ ID NO. 22 中的一種以上；針對Codon 13 位點的 SEQ ID NO. 23 以及 SEQ ID NO. 24、SEQ ID NO. 25、SEQ ID NO. 26 和 SEQID NO. 27中的一種以上；針對Codon18位點的SEQ ID NO. 28和SEQ ID NO. 29中的一種以上；和 / 或針對 Codon 61 位點的 SEQ ID NO. 30 以及 SEQ ID NO. 3USEQ ID NO. 32,SEQ IDNO. 33和SEQ IDN0. 34中的一種以上。本專利技術的主要優點在于1.本專利技術所提供的檢測方法與測序法的吻合率高達100%。且檢測所需要的時間遠遠低于常用的測序技術，特別符合實際應用需要。所制本文檔來自技高網...
【技術保護點】
一種NRAS基因突變檢測液相芯片，其特征是，包括有：(A).針對NRAS基因不同突變位點分別設計的野生型和突變型的ASPE引物：每種ASPE引物由5’端的tag序列和3’端針對目的基因突變位點的特異性引物序列組成，所述特異性引物序列為：針對Codon?12位點的SEQ?ID?NO.18以及SEQ?ID?NO.19、SEQ?ID?NO.20、SEQ?ID?NO.21和SEQ?ID?NO.22中的一種以上；針對Codon?13位點的SEQ?ID?NO.23以及SEQ?ID?NO.24、SEQID?NO.25、SEQ?ID?NO.26和SEQ?ID?NO.27中的一種以上；針對Codon18位點的SEQ?ID?NO.28和SEQ?IDNO.29；和/或針對Codon?61位點的SEQ?IDNO.30以及SEQ?IDNO.31、SEQ?IDNO.32、SEQ?ID?NO.33和SEQ?ID?NO.34中的一種以上；所述tag序列選自SEQ?ID?NO.1～SEQ?IDNO.17；(B).有anti?tag序列包被的、具有不同顏色編碼的微球，所述anti?tag序列與微球連接中間還設有間隔臂序列；所述anti?tag序列選自SEQ?ID?NO.35～SEQ?ID?NO.51，且所述anti?tag序列能相應地與(A)中所選的tag序列互補配對；(C).用于擴增出需要檢測的、具有相應突變位點的目標序列的引物。...
【技術特征摘要】
【專利技術屬性】
技術研發人員：許嘉森，劉志明，
申請(專利權)人：廣州益善生物技術有限公司，
類型：發明
國別省市：
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