一種與前列腺癌易感性相關的單核苷酸多態性位點及其應用制造技術

本發明專利技術屬于生物技術的基因領域，具體涉及一種與前列腺癌易感性相關的單核苷酸多態性位點及其應用。本發明專利技術提供與前列腺癌易感性相關的遺傳區域9q31.2上的部分基因序列，其核苷酸序列如SEQ.ID.NO.1所示；還提供遺傳區域9q31.2上的單核苷多態性位點rs817826；rs817826堿基為C的個體為前列腺癌易感人群，rs817826堿基為Ｔ的個體為非易感人群；rs817826的SNP序列如SEQ.ID.NO.2所示。還提供檢測單核苷酸多態性位點的特異性核酸引物：SEQ.ID.NO.3、SEQ.ID.NO.4、SEQ.ID.NO.5，其特異性地擴增出單核苷酸多態性位點的擴增產物。

【技術實現步驟摘要】
一種與前列腺癌易感性相關的單核苷酸多態性位點及其應用
本專利技術屬于生物技術的基因領域，具體涉及一個與前列腺癌易感性相關的單核苷酸多態性位點及其應用。
技術介紹
前列腺癌(Prostate cancer, PCa)是男性中第二大常見腫瘤，在癌癥相關死因中位于第六位，全球每年預計新發病例91. 4萬人，病死例數約25. 8萬人(Jemal A, Bray F， Center MMj Ferlay J， Ward E， Forman D. Global cancer statistics. CA Cancer J Clin 2011 ;61, 69-90 .)。前列腺癌的病因大多不是很清楚，目前的研究結果表明， 除了年齡和種族，家族史是前列腺癌發病另一主要的高危險因素(Gronberg H. Prostate cancer epidemiology. Lancet. 2003 ; 361 (9360) : 859-64.)。這種家族聚集性在很大程度上提示了遺傳因素對前列腺癌發生風險的影響。在一項雙胞胎研究中發現，遺傳因素能解釋 42% 前列腺癌的發病風險(Lichtenstein P, Holm NV, Verkasalo PK, Iliadou A, Kaprio J, Koskenvuo M et al. Environmental and heritable factors in the causation of cancer—analyses of cohorts of twins from Sweden, Denmark, and Finland. N Engl J Med. 2000 ; 343, 78-85.)。造成差異的遺傳物質基礎之一就包括SNP (單核苷酸多態性XSNP主要是指在基因組水平上由單個核苷酸的變異所引起的DNA序列多態性。它是人類可遺傳的變異中最常見的一種。占所有已知多態性的90%以上。SNP在人類基因組中廣泛存在，平均每500 1000個堿基對中就有I個，估計其總數可達300萬個甚 至更多(Collins F. S. , Brooks L. D. , Chakravarti A. A DNA polymorphism discovery resource for research on human genetic variation. Genome Res. 1998,8 (12)，1229-31.)。目前，SNP是研究人類常見疾病遺傳變異的重要依據。而全基因組關聯研究是系統找出疾病SNP遺傳變異的、具有良好前景的分子遺傳學研究方法。本專利技術通過全基因組關聯研究，選擇9q31. 2區域作為所研究的基因，同時選擇 9q31. 2區域上的SNP位點作為所研究的方向。經對國內外文獻檢索，至今未見有9q31. 2遺傳區域與前列腺癌相關聯的報道，也沒有9q31. 2區域上多態性位點與前列腺癌的相關性報道。
技術實現思路
本專利技術的目的在于提供一種與前列腺癌易感性相關的遺傳區域9q31. 2部分基因序列，通過rs817826單核苷酸多態性位點的遺傳研究，提出一個可作為判定前列腺癌高危人群的易感SNP位點，以利于前列腺癌高危人群的篩查，以利于預防和治療。本專利技術研究表明，遺傳區域9q31. 2與前列腺癌的易感性相關。本專利技術首先提供與前列腺癌易感性相關的遺傳區域9q31. 2上的部分基因序列，該基因序列的核苷酸序列如 SEQ.1D. NO.1 所示，其第 501 位為 T/C。本專利技術還提供與前列腺癌易感性相關的遺傳區域9q31. 2上的一單核苷多態性位點，rs817826 :rs817826 位于 RAD23B 和 KLF4 基因之間；rs817826 堿基為 T/C ；rs817826 的 SNP序列通過http: //genome, uses, edu/數據庫獲得，其序列如SEQ.1D. NO. 2所不。本專利技術還提供檢測一單核苷酸多態性位點的特異性核酸引物SEQ.1D. NO. 3、SEQ.1D. NO. 4、SEQ.1D. NO. 5，且特異性地擴增出單核苷酸多態性位點的擴增產物。本專利技術關于與前列腺癌易感性相關的遺傳區域9q31. 2基因序列，其獲得 rs817826序列的具體步驟如下通過http://genome, uses, edu/數據庫，在遺傳區域9q31. 2上選擇單核苷酸多態性位點rs817826 ;依據相應的堿基序列合成引物ACGTTGGATGCACTTTATCCTCCTAGTGAA (SEQ.1D. NO. 3), ACGTTGGATGACCGTTGAGACTTAGTGTAG (SEQ.1D. NO. 4)以及 UEP 引物 cccctCTACAGAGGCCCTAGTAAA (SEQ.1D. NO. 5);進行 PCR 擴增，獲取 SNP rs817826 分型數據。PCR 擴增中，PCR 反應體系 5ul :0. 625ul 10 X TaqBuffer, O.1 25mM dNTP, O. 12ul IOnM PCR 引物 Mix，O. 325 25nM MgCl2, 0.1ul 5U/ML Hotstar 酶，用 ddH20 補足 5ul ； PCR 反應條件95°C 2min ；95°C 0. 5min,96°C 0. 5min,72°C lmin，45 個循環；72°C 5min, 25 °C ⑴ min ;SAP 純化反應體系 2ul :0. 17ul 10 X SAPBuffer, 0. 3 lU/ul SAP 酶，用 ddH20補足2ul ;SAP純化反應條件37°C 40min,85°C 5min，25 °C ^ min ;單堿基延伸反應體系 2ul:0. 2 IOXiPlexBuffer, 0. 2 iPlex Termination, 0. 33 IOOuM 終止引物 Mix,0.041 iPlex Enzyme,用 ddH20 補足 2ul ;單喊基延伸反應條件94°C 30s ；94°C 5s,92°C 5s-80°C 5s，內部循環5次，外部循環40次；72°C 180s ；25°C ^ s ;將反應產物共15nL，經樹脂純化后，SpectroCHIP 芯片上樣；通過 MassARRAY MALD1-TOF Mass Spectrometry 進行質譜檢測，并獲取SNP rs817826分型數據。本專利技術還提供所述的與前列腺癌易感性相關的遺傳區域9q31. 2的應用，通過提取受試者基因組DNA進行單核 苷酸多態性位點rs817826的基因分型，其中rs817826堿基為C的個體為前列腺癌易感人群。rs817826堿基為T的個體為前列腺癌非易感人群。具體實施方式以下結合具體實施例，以進一步說明本專利技術。應理解，以下實施例僅用于說明本專利技術而不用于限制本專利技術的范圍。實施例1通過提取受試者基因組DNA進行單核苷酸多態性rs817826的基因分型，其中rs817826 堿基為C的個體為前列腺癌的易感人群。具體做法是1.基因組DNA的提取受試者均由外周靜脈血抽取2-3ml，采用QIAamp Blood Mini Kit250 (QIAGEN，德國) 試本文檔來自技高網...

【技術保護點】
一種與前列腺癌易感性相關的遺傳區域9q31.2上的基因序列，其特征在于，核苷酸序列如SEQ.ID.NO.1所示，其第501位為T/C。

【技術特征摘要】

【專利技術屬性】
技術研發人員：孫穎浩，徐劍鋒，莫曾南，許傳亮，任善成，高旭，
申請(專利權)人：上海長海醫院，復旦大學，
類型：發明
國別省市：