本發明專利技術公開了用于人類親子鑒定的SNP標記組合，包括60個SNP標記。這些SNP標記的上游引物的核苷酸序列依次如SEQ?ID?NO.1~60所示；下游引物的核苷酸序列依次如SEQ?ID?NO.61~120所示；單堿基延伸引物的核苷酸序列依次如SEQ?ID?NO.121~180所示。本發明專利技術利用飛行質譜方法，將上述SNP標記組合用于人類的親子鑒定，結果準確，方法快速簡便并且有很高通量。
【技術實現步驟摘要】
本專利技術涉及使用SNP標記進行人類親子鑒定的檢測體系，具體涉及60個標記組合以及引物序列和檢測方法。
技術介紹
現代親緣關系鑒定的方法是DNA分析，利用人類染色體上的遺傳標記來識別兩個個體之間是否有血緣關系。有親緣關系的個體之間，共享相同標記的概率，比沒有親緣關系的個體要大。目前，用于親子鑒定的遺傳標記是第二代遺傳標記短串聯重復序列(STR)，它具有分布廣泛，易于檢測，信息量大，有高度多態性并遵循孟德爾共顯性遺傳等特點。STR進行親子鑒定時，一般檢測十幾個STR位點，如果有3個以上的位點不同，則可排除親子關系。但是STR不同等位基因的序列長度相似，區分和判型有一定困難，一般每個PCR反應的判型 錯誤率可達1% 5%(bonin et al. 2004; Weller et al. 2004),判型錯誤影響親子鑒定的準確性和可重復性。隨著科學技術的發展，單核苷酸多態性(SNP)作為第三代遺傳標記，越來越多的進入人們的視野。在遺傳制圖、連鎖性分析、疾病基因定位和物種多態性研究等諸多領域中，SNP已經逐漸取代STR，成為首選的遺傳標記。相對于STR，SNP在染色體中的分布更為廣泛，數量更多，檢測方法也更方便可靠。在親緣關系鑒定領域，SNP分型也可以充分發揮其優勢 1)作為遺傳標記，SNP比STR更為穩定，STR序列的突變率高于人類基因的平均突變率，而且STR中存在著多個核心序列重復、核心序列的非整倍重復等現象，SNP則不存在這類問題； 2)SNP檢測比STR檢測對DNA樣本的要求更低，適應更多的特殊環境，SNP是單堿基圖片，在PCR過程中一般只需擴增IOObp左右的長度即可完成檢測，9. 11災難的遇難人員身份識別，因為很多樣本在極端溫度與濕度的影響下，其DNA已經降解，很難收集到足夠的STR數據，因此有一部分就是利用SNP完成的； 3)相對于STR，SNP的檢測更加廉價，且通量更高，美國等發達國家在9.11等事件中的經驗表明，利用STR鑒定技術成功識別一個遺體的平均成本可以達到上千美元，SNP鑒定技術有望將識別成本減半甚至更低； 4)在鑒定父母與子女這樣之間的親緣關系方面，目前所廣泛使用的，十幾個位點的STR鑒定系統能夠提供充分的信息，但是當鑒定的需求擴充到更遠的親緣關系，比如當一個災難事故遇難者，只有一個表親能夠提供身份鑒別所需的樣本時，這樣的STR鑒定就有些力不從心，而SNP位點由于具有遠超過STR位點的數量，可以提供更多的信息，理論上能夠對很遠的親屬關系也提供可信的判定； 綜上所述，SNP標記具有穩定性高，測定準確，檢測方法簡便并且高通量等優點，將其應用于親子鑒定的前景十分廣闊，代表了未來的發展方向。
技術實現思路
本專利技術的目的是利用SNP標記高通量、易檢測、方便自動化的有點，建立了一套用于人類親子鑒定的標記組合，并建立簡便準確的飛行質譜方法檢測此套SNP標記多態性的技術。為達到上述目的，本專利技術的技術方案提供一種用于人類親子鑒定的SNP標記組合，其保護如附表所示的60個SNP標記上述標記組合優選利用飛行質譜(MALDI-T0F)方法進行檢測，檢測方法包括以下步驟(I)提取基因組DNA，包括提取抗凝血DNA和口腔上皮細胞DNA ; (2)飛行質譜檢測SNP多態；(3)利用軟件進行親子推斷。本專利技術經過飛行質譜檢測SNP多態及親子推斷實驗驗證，無論是父子關系推斷還是雙親推斷，親子關系都是極顯著的，并且推斷關系與實際親緣關系完全吻合；本專利技術提供的SNP標記組合用于人類親子鑒定，結果準確。利用飛行質譜方法，可快速、高通量、簡便的進行人類親子鑒定。 實施例以下結合實施例，對本專利技術的具體實施方式進行詳細描述，實施例用于說明本專利技術，但不用來限制本專利技術的范圍。實施例I :采用飛行質譜方法對人群進行SNP分型及親子推斷 一)提取基因組DNA 1)本試驗的樣本是使用刮棒采集的口腔粘膜細胞，室溫保存。刮棒采樣DNA提取的具體步驟如下 2)將口腔刮棒上的脫落細胞溶于400uLIX裂解液中，加入IuL蛋白酶K，56度水浴30分鐘； 3)取出樣品置冰水浴I分鐘，加入6mol/LNaCl 150uL,劇烈振蕩15-20秒，13000轉離心10分鐘； 4)吸取取上清液至新的離心管中，加入I.ImL無水乙醇，上下顛倒10次至絮狀DNA沉淀出現，室溫放置10分鐘，13000轉離心2分鐘沉淀DNA ； 6)棄去上清液，再加入O.25mL70%乙醇洗滌DNA沉淀，室溫放置I分鐘后，13000轉離心5分鐘； 7)用移液器小心吸取乙醇，然后放入通風櫥中通風10分鐘，然后用35uLTE溶解DNA ；8) DNA可在4度保存1-2個月，或者存放在-20度長期保存； 9)使用2uLDNA樣品，I. 5%瓊脂糖凝膠，120V電泳15分鐘，觀察結果合格后轉移至PCR管中； 10)紫外分光光度計SMA3000測定溶液中DNA的濃度和A260/A280比值，測量3次取平均值，濃度應在30ng/uL，A260/A280比值應該在I. 7-2. O之間，合格的DNA 4°C取用或-20°C保存； 二)飛行質譜檢測SNP多態 I.引物與DNA稀釋以及質檢 I)將普通引物稀釋至終濃度為100pmol/uL,根據Sequenom的稀釋公式,將單堿基延伸終止引物稀釋至終濃度為135. 3-284. 8pmol/uL之間；2)13000轉離心2.5min,用振蕩器輕微震蕩，每隔Ih震蕩一次，在常溫下放至3_4小時即可，4°C取用或-20°C保存； 3)使用1.5%瓊脂糖和紫外分光光度計SMA3000測定樣品DNA的有無及濃度，保留合格樣品，失敗樣品重新提取，將DNA濃度稀釋至10-20ng/uL，4°C取用或_20°C保存；2.384孔多重PCR反應 1)多重PCR過程與普通PCR過程完全相同，在384孔PCR板中依次加入表2中體系，按照表3設置PCR儀程序，混合PCR反應液Mix時額外增加38%，以防止意外損失； 表2 5uLPCR反應體系本文檔來自技高網...
【技術保護點】
一種用于人類親子鑒定的SNP標記組合，其特征在于，包含60個SNP標記，這些SNP標記的上游引物的核苷酸序列依次如SEQ?ID?NO.?1~60所示；下游引物的核苷酸序列依次如SEQ?ID?NO.?61~120所示；單堿基延伸引物的核苷酸序列依次如SEQ?ID?NO.?121~180所示。
【技術特征摘要】
1.一種用于人類親子鑒定的SNP標記組合，其特征在于，包含60個SNP標記，這些SNP標記的上游引物的核苷酸序列依次如SEQ ID NO. 1飛0所示；下游引物的核苷酸序列依次如SEQ ID NO. 61 120所示；單堿基延伸引物的核苷酸序列依次如SEQ ID NO. 121 180所...
【專利技術屬性】
技術研發人員：王健，其他發明人請求不公開姓名，
申請(專利權)人：上海迪道科技有限公司，郭景康，
類型：發明
國別省市：
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