一種檢測核酸羥甲基化修飾的方法及其應用技術

本發明專利技術提供了一種檢測核酸羥甲基化修飾的方法，具體地，包括步驟：對核酸進行糖基化修飾和MspI酶切，將酶切后的片段兩端都連接生物素標記接頭，進行NlaIII酶切；再通過鏈親和霉素磁珠捕獲，所有捕獲到的一端連接生物素接頭，另一端突出CATG四個堿基的序列均可表示出其臨近的CCGG位點的修飾狀態信息；通過在CATG粘性末端連接一個含有MmeI或Ecop15I酶切位點的接頭并用相應的酶進行切割，則產生的短序列片段可表示出其臨近CCGG位點的修飾信息；進行序列對比，即可獲得甲基化修飾和羥甲基化修飾信息。本發明專利技術還提供了所述方法的應用。

【技術實現步驟摘要】

【技術保護點】
一種檢測核酸羥甲基化修飾的方法，其特征在于，包括步驟：(1)對所述核酸進行糖基化處理，獲得羥甲基化堿基轉化為糖基羥甲基化堿基的核酸；(2)對未作糖基化處理的對照組核酸和步驟(1)獲得的糖基化核酸，分別進行第一限制性內切酶酶切反應，分別獲得第一對照核酸片段和樣本核酸片段；對所述對照組核酸或糖基化核酸進行第二限制性內切酶酶切反應，獲得第二對照核酸片段；(3)對步驟(2)獲得的第一對照核酸片段、樣本核酸片段和第二對照核酸片段，分別連接生物素標記的接頭，獲得具有生物素接頭的第一對照連接產物、樣本連接產物和第二對照連接產物；(4)對步驟(3)獲得的具有生物素接頭的第一對照連接產物、樣本連接產物和第二對照連接產物，分別進行NlaIII限制性內切酶酶切反應，產生第一對照NlaIII酶切產物、樣本NlaIII酶切產物和第二對照NlaIII酶切產物，所述三種產物均為一端為生物素標記接頭，另一端為粘性末端；(5)對步驟(4)獲得的第一對照NlaIII酶切產物、樣本NlaIII酶切產物和第二對照NlaIII酶切產物，分別進行第二接頭連接，所述第二接頭序列中具有特定限制性內切酶的識別位點；獲得第一對照二次接頭連接產物、樣本二次接頭連接產物和第二對照二次接頭連接產物；(6)對步驟(5)獲得的第一對照二次接頭連接產物、樣本二次接頭連接產物和第二對照二次接頭連接產物進行特定限制性內切酶酶切反應，獲得一端具有第二接頭，另一端具有粘性末端的第一對照最終酶切產物、樣本最終酶切產物和第二對照最終酶切產物；(7)對步驟(6)獲得的第一對照最終酶切產物、樣本最終酶切產物和第二對照最終酶切產物，與測序接頭連接，擴增測序接頭連接產物，獲得第一對照測序文庫、樣本測序文庫和第二對照測序文庫；(8)對步驟(7)獲得的測序文庫進行測序，分析比較序列信息，獲得核酸羥甲基化修飾的信息。...

【技術特征摘要】

【專利技術屬性】
技術研發人員：高飛，王君文，張秀清，楊煥明，
申請(專利權)人：深圳華大基因科技有限公司，深圳華大基因研究院，
類型：發明
國別省市：