本發明專利技術提供了一種能夠在包含胎兒和母體核酸的母體樣品中檢測單個或多個胎兒染色體非整倍性并且驗證已作出正確的確定的方法。該方法適用于在多個樣品中確定任何感興趣的序列的拷貝數變異(CNV)，這些樣品包含來源于兩個不同基因組的基因組核酸的混合物，并且已知或懷疑這兩個不同基因組在一個或多個感興趣的序列的量方面不同。該方法至少適用于無創性產前診斷的實施，并且適用于與健康個體對比患病的個體中序列表達差異有關的病狀的診斷和監測。
【技術實現步驟摘要】
【國外來華專利技術】
本專利技術提供了一種能夠在包含胎兒和母體核酸的母體樣品中確定單個或多個胎兒染色體非整倍性并且驗證已作出正確的確定的方法。該方法至少適用于無創性產前診斷的實施，并且適用于與健康個體對比患病的個體中序列表達差異相關聯的病狀的診斷和監測。
技術介紹
2007 年公布的美國婦產科學會(American College of Obstetrics·andGynecology ；AC0G)實施公告號77支持對所有孕婦妊娠期的前三個月進行非整倍性風險評估，該評估是基于頸半透明度測量以及替代生化標記物，用以篩查唐氏綜合征(美國婦產科學會實施公告號77 (AC0G Practice Bulletin No. 77)，婦產科(ObstetGynecol) 109 :217-227 )。這些篩查測試僅可以提供風險確定，該風險確定是非決定性的并且具有非最佳的確定和高假陽性率。如今，僅有包括絨膜絨毛采樣(CVS)、羊膜穿刺或臍帶穿刺在內的創傷性方法才提供關于胎兒的明確遺傳信息，但這些程序對母親和胎兒都有風險(歐迪波(Odibo)等人，婦產科(Obstet Gynecol) 112 :813-819;歐迪波(Odibo)等人，婦產科(Obstet Gynecol) 111 :589-595;埃文斯(Evans)和瓦普納(Wapner)，圍產期學論文集(Semin Perinatol) 29 :215-218 )。因此，所希望的是一種用來獲得關于胎兒染色體狀態的明確信息的無創性手段。對從母體血漿中獲得的CfDNA進行大規模平行DNA測序產生數百萬個短序列標簽，這些短序列標簽可以被比對并且唯一地映射到來自參照人類基因組的位點，并且所映射的標簽的計數可以用于確定染色體的過度表達或表達不足(范(Fan)等人，美國國家科學院院刊(Proc Natl Acad Sci USA) 105 :16266-16271 ;維爾克汀(Voelkerding)和里昂(Lyon)，臨床化學(Clin Chem) 56 :336-338 )。然而，測序深度和后續計數統計決定了胎兒非整倍性確定的靈敏度。顯然不能在測試樣品群體中確定一種以上類型的三體性，這一情況強調了針對用來在母體血漿樣品中確定染色體非整倍性的優化的算法的需求(趙(Chiu)等人，英國醫學雜志(BMJ) 342, C7401 ;埃里克(Ehrich)等人，美國婦產科雜志(Am J Obstet Gynecol) 2014 205 el)。現有方法的局限性成為針對最佳的無創性方法的需求的基礎，這些最佳的無創性方法將為產前診斷以及與拷貝數變化有關的醫學病狀的診斷和監測提供特異性、靈敏性以及適用性中的任一者或全部以便可靠地診斷染色體非整倍性。本專利技術實現了上述需求中的一些，并且尤其提供了一個優點，即提供了一種可靠的方法，該方法具有足夠的靈敏性以便確定單個或多個染色體非整倍性，并且該方法驗證已作出正確的確定。專利技術概述本專利技術提供了一種能夠在包含胎兒和母體核酸的母體樣品中確定單個或多個胎兒染色體非整倍性并且驗證已作出正確的確定的方法。該方法適用于在多個樣品中確定任何感興趣的序列的拷貝數變異(CNV)，這些樣品包含來源于兩個不同基因組的基因組核酸的混合物，并且已知或懷疑這兩個不同基因組在一個或多個感興趣的序列的量方面不同。該方法至少適用于無創性產前診斷的實施，并且適用于與健康個體對比患病的個體中序列表達差異有關的病狀的診斷和監測。在一個實施方案中，該方法通過以下步驟在包含胎兒和母體核酸分子的母體測試樣品中確定存在或不存在一種胎兒染色體非整倍性(a)獲得針對在母體樣品中胎兒和母體核酸的序列信息，以便識別針對一個感興趣的染色體的多個序列標簽的一個數目以及針對至少兩個歸一化染色體的多個序列標簽的一個數目；(b)使用序列標簽的數目來計算針對感興趣的染色體的一個第一歸一化值和一個第二歸一化值；并且(C)將針對感興趣的染色體的第一歸一化值與一個第一閾值進行比較并且將針對感興趣的染色體的第二歸一化值與一個第二閾值進行比較，以確定在樣品中存在或不存在一種胎兒非整倍性。第一和第二閾值可以是相同的，或者它們可以是不同的。在這個方法的步驟(C)中，針對所述感興趣的染色體的第一歸一化值與閾值的比較指示存在或不存在針對所述感興趣的染色體的一種非整倍性，并且針對所述感興趣的染色體的第二歸一化值與閾值的比較驗證存在或不存 在針對感興趣的染色體的一種非整倍性的確定。在一些實施方案中，第一歸一化值是一個第一染色體劑量，它是針對感興趣的染色體的序列標簽的數目與針對一個第一歸一化染色體的序列標簽的數目的比率，并且第二歸一化值是一個第二染色體劑量，它是針對感興趣的染色體的序列標簽的數目與針對一個第二歸一化染色體的序列標簽的數目的比率。任選地，第一和第二歸一化值可以表示為如下所述的歸一化的染色體值(NCV)。在上述和所有后續實施方案中，獲得測序信息的步驟包括下一代測序(NGS)。NGS可以是使用多個可逆染料終止子進行合成法測序(sequencing-by-synthesis)。可替代地，NGS可以是連接法測序(sequencing-by-ligation)進行測序。NGS還可以是單分子測序。類似地，在上述和所有后續實施方案中，針對染色體21的歸一化染色體是選自染色體9、11、14、以及I。在一些實施方案中，針對染色體18的歸一化染色體是選自染色體8、3、2、以及6。在一些實施方案中，針對染色體13的歸一化染色體是選自染色體4、染色體2-6的群組、染色體5、以及染色體6。在一些實施方案中，針對染色體X的歸一化染色體是選自染色體6、5、13、以及3。在一些實施方案中，針對染色體I的歸一化染色體是選自染色體10、11、9、以及15。在一些實施方案中，針對染色體2的歸一化染色體是選自染色體8、7、12、以及14。在一些實施方案中，針對染色體3的歸一化染色體是選自染色體6、5、8、以及18。在一些實施方案中，針對染色體4的歸一化染色體是選自染色體3、5、6、以及13。在一些實施方案中，針對染色體5的歸一化染色體是選自染色體6、3、8、以及18。在一些實施方案中，針對染色體6的歸一化染色體是選自染色體5、3、8、以及18。在一些實施方案中，針對染色體7的歸一化染色體是選自染色體12、2、14、以及8。在一些實施方案中，針對染色體8的歸一化染色體是選自染色體2、7、12、以及3。在一些實施方案中，針對染色體9的歸一化染色體是選自染色體11、10、1、以及14。在一些實施方案中，針對染色體10的歸一化染色體是選自染色體1、11、9、以及15。在一些實施方案中，針對染色體11的歸一化染色體是選自染色體1、10、9、以及15。在一些實施方案中，針對染色體12的歸一化染色體是選自染色體7、14、2、以及8。在一些實施方案中，針對染色體14的歸一化染色體是選自染色體12、7、2、以及9。在一些實施方案中，針對染色體15的歸一化染色體是選自染色體1、10、11、以及9。在一些實施方案中，針對染色體16的歸一化染色體是選自染色體20、17、15、以及I。在一些實施方案中，針對染色體17的歸一化染色體是選自染色體16、20、19、以及22。在一些實施方案中，針對染本文檔來自技高網...
【技術保護點】
【技術特征摘要】
【國外來華專利技術】
【專利技術屬性】
技術研發人員：里查德·P·拉瓦，
申請(專利權)人：維里納塔健康公司，
類型：
國別省市：
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