【技術實現步驟摘要】
【國外來華專利技術】
當前公開的主題涉及用于對來自組織載玻片上的組織切片(tissue?section)的組織進行分離的方法、用于對來自組織載玻片上的組織切片的組織進行染色的方法、分離設備、被布置為用于施加在組織切片的頂部上的3d打印掩模以及計算機可讀介質。
技術介紹
1、標題為“處理樣品的方法(method?of?treating?a?sample)”的國際專利申請wo2020131070公開了一種用液體來處理樣品的隔離區域的方法，該國際專利申請通過引用的方式被包括在本文中。其中公開的已知方法包括以下步驟:
2、－借助第一液體貯存器生成樣品的隔離區域，所述第一液體貯存器包封第二液體貯存器的遠端，以及所述樣品的所述隔離區域相對所述樣品的其余區域被密封；
3、－使所述樣品的所述隔離區域與所述第二液體貯存器液體連接；
4、－將液體從所述第二液體貯存器分配至所述第一液體貯存器中，由此在所述樣品上的所述隔離區域處沿著第一方向生成液體流動；以及
5、－將所述液體從所述第一液體貯存器吸入所述第二液體貯存器中，由此在所述樣品上的所述隔離區域處沿著第二方向生成液體流動。
6、例如，上述專利申請的圖9示出了組織的福爾馬林固定石蠟包埋(ffpe)切片的顯微鏡圖像。相應的描述給出了包含組織切片的載玻片的處理實施例。
技術實現思路
1、用于對來自組織切片的組織進行分離的現有方法可被改進。例如，屏障(barrier)或掩模可被直接地施加在組織上，以擋住分離液體(諸如，裂
2、例如，用于對來自組織載玻片上的組織切片的組織進行分離的方法可包括將3d打印掩模施加在組織切片的頂部上。3d打印掩模可被直接地打印在組織切片上。掩模可包括屏障，所述屏障限定包圍組織切片上的感興趣區域的腔。分離液體可被分配至所述腔內，且稍后與已分離組織一起從所述腔內被吸出。然后，期望的進一步處理可被施加至已分離組織，例如基因組分析、存儲組織等。組織切片有時還被稱為組織薄片(tissue?slice)。
3、分配與吸出可使用布置于機動移液臂處的移液尖端。移液尖端可被布置為使得分離液體被分配至腔，或從腔中被吸出。有趣地，在分配與吸出之間，移液臂和/或移液尖端可以其他方式被施加。例如，在分配之后，移液臂可被移動遠離所述腔。例如，移液臂可被用于處理下一感興趣區域，例如位于同一組織切片或者不同組織切片上的下一感興趣區域，可能地甚至在不同的組織載玻片上的下一感興趣區域。另一優勢是，組織切片可比常規的組織切片更厚。
4、限定腔的屏障可被布置為與感興趣區域的邊緣匹配。因此，屏障所限定的腔可以是不規則形狀，例如，與感興趣區域的輪廓匹配。類似地，腔的面積和/或容積可被靈活適配于當前的分離，例如，從非常小至非常大的感興趣區域。
5、有趣地，3d掩模可被直接地打印在組織切片上。這是有利的，因為它允許增強自動化、提高處理量以及改進與感興趣區域的對準。例如，3d掩模應用(例如，打印)的位置可從染色組織切片的第一圖像確定，感興趣區域在所述第一圖像上是可見的和/或在所述第一圖像上被指示或者相對于所述第一圖像被指示。圖像配準算法可被施加，以將組織切片的第一圖像與第二圖像配準，在所述組織切片上待進行分離以及3d掩模待被施加在所述組織切片上。例如，染色組織切片的圖像中所識別的感興趣區域的坐標可通過配準而被轉換為未染色組織切片的圖像中的感興趣區域的坐標，在所述組織切片中將進行3d掩模應用與組織分離。染色組織切片典型地是整體染色的，盡管這不是必須的。可使用常規染色方法來施加染色，例如h&e染色。
6、甚至，3d掩模的設計可從第一圖像獲得，可能地借助于2d設計的中間確定。2d掩模和/或3d掩模可被手動地設計。例如，2d設計可通過手動來完成，例如在用戶界面中；例如，在染色薄片的圖片的頂部上。2d設計可自動地生成，例如通過計算機，例如從第一圖像。例如，掩模設計算法可被配置為圍繞所指示的感興趣區域繪制一個屏障。感興趣區域可以是掩模設計算法的輸入，或者可以從與染色組織切片相關聯的標記獲得，或者可以從機器學習算法獲得。掩模設計算法可被配置為將可選特征添加至3d設計(諸如，3d掩模的外側處的斜坡)。例如，掩模設計算法可以可選地被配置為將多個感興趣區域與支架結構連接。
7、多種積極效果可使用一個實施方案來獲得。例如，使用3d掩模意味著不需要預定尺寸的分離室，例如所謂的尖端擴展器。預定的分離室的形狀通常不適配感興趣區域的形狀。典型地，尖端擴展器是圓形的，而感興趣區域不是圓形的。因此，感興趣區域將需要使用許多尖端擴展器進行重復的分離時段(detaching?session)，在此之后，整個感興趣區域可能仍然沒有被完全分離。因此，使用打印3d掩模可減少所需的消耗品的數目。類似地，可減少試劑成本。還避免了與多個位置處的重復分離相關聯的聚集問題。
8、處理量可被顯著增加。這對于單個感興趣區域是成立的，因為可以避免重復分離(例如，所謂的裂解循環)。替代地，可執行單個分離時段，其中分離整個感興趣區域。當利用3d掩模所允許的并行性時，處理量增加得更多。當第一感興趣區域正在分離時(例如，當在第一腔中正在進行裂解時)，移液尖端可分配到對應于第二感興趣區域的第二腔內。分離會花費一些時間——完整的分離可花費8分鐘或者甚至更多，并行工作的機會可顯著地提升處理量。
9、因為3d打印掩模的形狀可與感興趣區域的輪廓匹配，所以避免了分離不想要的組織(例如，健康組織)，或者遺漏想要的組織(例如，腫瘤組織)。這在組織載玻片的邊緣附近是尤其準確的，其中尖端擴展器的預定形狀可能延伸至組織載玻片的邊界之外。可在接近于邊緣處施加打印掩模，同時打印掩模仍具有較大的表面區域。
10、分離設備和/或3d打印設備和/或3d掩模生成設備是電子設備，所述電子設備可包括計算機，例如以控制3d打印和/或分離過程。
11、一方面是分離方法(例如，包括使用3d打印掩模的組織的分離)、3d打印方法(例如，包括被布置為在分離方法中所使用的3d掩模的3d打印)以及3d設計方法(例如，包括在3d打印方法中所使用的2d和/或3d掩模設計的生成)。
12、一方面是染色方法(例如，包括使用3d打印掩模對組織進行染色)、3d打印方法(例如，包括被布置為在染色方法中所使用的3d掩模的3d打印)以及3d掩模設計方法(例如，包括在3d打印方法中所使用的2d和/或3d掩模設計的生成)。
13、這些方法的一個實施方案可作為計算機實施的方法而在計算機上被實施，或者在專用硬件中實施，或者在這二者的組合中實施。用于該方法的一個實施方案的可執行代碼可被存儲在計算機程序產品上。計算機程序產品的實施例包括內存設備、光學存儲設備、集成電路、服務器、在線軟件等。優選地，計算機程序產品包括存儲在計算機可讀本文檔來自技高網...
【技術保護點】
1.一種用于對來自組織載玻片上的組織切片的組織進行分離的方法，所述方法包括：
2.根據權利要求1所述的方法，其中所述分離液體從移液尖端被分配和/或被吸出，所述移液尖端被布置在機動移液臂處，所述臂被布置為將所述移液尖端移動至所述腔。
3.根據權利要求2所述的方法，其中所述移液臂被配置為在對所述感興趣區域處的組織進行分離期間移動遠離所述腔，且稍后返回至所述腔，以從所述腔中吸出所述分離液體。
4.根據權利要求1所述的方法，其中通過施加在所述組織切片上的一個或多個3D打印掩模來限定多個腔，
5.根據權利要求1所述的方法，包括：
6.根據權利要求1所述的方法，其中所述腔至少部分地被傾斜支架包圍。
7.根據權利要求1所述的方法，其中所述腔的腔形狀是不規則的。
8.根據權利要求1所述的方法，其中施加3D打印掩模包括將所述3D打印掩模直接地3D打印在所述組織切片上。
9.根據權利要求1所述的方法，其中在將所述3D打印掩模施加在所述組織切片的頂部上之前，從所述組織切片的至少一部分移除石蠟層，所述3D打印
10.根據權利要求1所述的方法，包括獲得所述掩模的2D設計、將所述2D設計轉換為3D設計，以及3D打印所述3D設計以獲得所述3D掩模。
11.根據權利要求10所述的方法，包括：
12.根據權利要求1所述的方法，其中用于分離的所述組織切片至少是染色組織切片的2倍厚，至少是所述染色組織切片的4倍厚，或者至少是所述染色組織切片的8倍厚。
13.根據權利要求1所述的方法，其中所述進一步處理包括：
14.根據權利要求1所述的方法，其中所述方法至少部分地是計算機實施的。
15.根據權利要求1所述的方法，其中：
16.根據權利要求1所述的方法，其中所述組織切片被石蠟包埋在第一石蠟中，所述3D打印掩模包括第二石蠟，所述第一石蠟的熔點低于所述第二石蠟的熔點，所述3D打印掩模被直接地打印在所述組織切片上。
17.一種用于對來自組織載玻片上的組織切片的組織進行染色的方法，所述方法包括：
18.一種分離設備，包括：
19.一種3D打印掩模，所述3D打印掩模被布置為用于施加在組織切片的頂部上，所述掩模包括屏障，所述屏障限定包圍所述組織切片上的感興趣區域的腔，所述腔在面向所述組織切片上的所述感興趣區域的一側處是敞開的以及在與所述組織切片相對的一側處是至少部分地敞開的，所述腔被布置為用于接收分離液體，以用于對所述感興趣區域處的組織進行分離。
20.一種暫時性或非暫時性計算機可讀介質，包括表示指令的數據，當所述指令由處理器系統執行時，使處理器系統執行權利要求1至17中的任一項所述的方法。
...【技術特征摘要】
【國外來華專利技術】
1.一種用于對來自組織載玻片上的組織切片的組織進行分離的方法，所述方法包括：
2.根據權利要求1所述的方法，其中所述分離液體從移液尖端被分配和/或被吸出，所述移液尖端被布置在機動移液臂處，所述臂被布置為將所述移液尖端移動至所述腔。
3.根據權利要求2所述的方法，其中所述移液臂被配置為在對所述感興趣區域處的組織進行分離期間移動遠離所述腔，且稍后返回至所述腔，以從所述腔中吸出所述分離液體。
4.根據權利要求1所述的方法，其中通過施加在所述組織切片上的一個或多個3d打印掩模來限定多個腔，
5.根據權利要求1所述的方法，包括：
6.根據權利要求1所述的方法，其中所述腔至少部分地被傾斜支架包圍。
7.根據權利要求1所述的方法，其中所述腔的腔形狀是不規則的。
8.根據權利要求1所述的方法，其中施加3d打印掩模包括將所述3d打印掩模直接地3d打印在所述組織切片上。
9.根據權利要求1所述的方法，其中在將所述3d打印掩模施加在所述組織切片的頂部上之前，從所述組織切片的至少一部分移除石蠟層，所述3d打印掩模待被施加在所述組織切片的所述至少一部分上。
10.根據權利要求1所述的方法，包括獲得所述掩模的2d設計、將所述2d設計轉換為3d設計，以及3d打印所述3d設計以獲得所述3d掩模。
11.根據權利要求10所...
【專利技術屬性】
技術研發人員：P·奧特，P·金尼，A·薩格爾，
申請(專利權)人：帝肯貿易股份公司，
類型：發明
國別省市：
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