本發明專利技術涉及基于高通量測序檢測人BRCA1/2基因的捕獲探針及試劑盒。本發明專利技術的人BRCA1/2捕獲探針是多種探針的混合物，所述多種探針分別能夠捕獲人BRCA1/2基因上不同的目標區域。在優選的實施方案中，所述多種探針的集合能夠捕獲人BRCA1/2基因全部編碼外顯子區域及外顯子內含子交接區域。
【技術實現步驟摘要】
專利
本專利技術涉及基因檢測領域，具體涉及一種基于高通量測序檢測人BRCA1/2基因的捕獲的探針及試劑盒。
技術介紹
乳腺癌是一種嚴重影響婦女身體健康甚至危及生命的最常見的惡性腫瘤之一。據資料統計，其發病率占各種惡性腫瘤的7-10％，乳腺癌的發病常與遺傳有關，另外，40-60歲之間，絕經期前后的婦女發病率較高。乳腺癌可分為散發性和遺傳性兩大類。其中遺傳性乳腺癌約占乳癌發病率的5％-10％。乳腺癌易感基因BRCA1(thefirstfamilialbreastandovariancancersusceptibilitygene)和BRCA2(thesecondfamilialbreastcancersusceptibilitygene)存在可遺傳突變，BRCA1或BRCA2突變基因攜帶者一生中患乳腺癌的危險性估計為90％。此外，BRCA1和BRCA2的突變也和卵巢癌有關。不論有無家族史還是發病年齡，所有卵巢癌中2-6％有BRCA1的突變，3-4％有BRCA2的突變。因此，篩選BRCA基因的突變也來越受到研究者的關注。BRCA1和BRCA2基因分別定位于17ql2_21和13ql2_13，編碼序列分別為5711bp和10987bp，其表達有一定的組織特異性。BRCA1和BRCA2蛋白分別由1863個氨基酸和3418個氨基酸組成，這兩個蛋白都具有Granin蛋白的某些特征。BRCA1/2是兩種具有抑制惡性腫瘤發生的基因，在調節人體細胞的復制、遺傳物質DNA損傷修復、細胞的正常生長方面有重要作用。擁有這個基因突變的家族傾向于具有高乳腺癌發生率，通常發生在較年輕時，病人的兩側乳房都患癌，且同時患有卵巢癌。如果BRCA1/2基因的結構發生了某些改變，那么它所具有的抑制腫瘤發生的功能就會受影響。截止2013年，已發現的BRCA1/2的突變有數百種之多。有學者總結了BRCA1和BRCA2基因突變相關的癌癥的終身風險，顯示有BRCA1基因突變者，患乳腺癌和卵巢癌的風險分別是50％～85％和15％～45％，有BRCA2基因突變者，患乳腺癌和卵巢癌的風險分別是50％～85％和10％～20％。通過對BRCA1/2的檢測可篩檢出乳腺癌、卵巢癌及其他相關惡性腫瘤的高危人群，利于該類疾病的早期診斷治療。耗資30億美元歷時10余年完成的人類基因組計劃(HumanGenomeProject,HGP)給基因組學研究帶來了天翻地覆的變化，通過測定人類基因組DNA的序列，探尋基因在染色體上的位置，明確基因的結構和功能，解讀人類的全部遺傳信息，人類第一次在分子水平上全面認識自我。在這期間，建立了兩項非常重要的高通量技術：基因芯片和第二代測序技術。這兩種技術進一步結合，就產生了一種新的解決方案：目標序列捕獲測序技術。目標序列捕獲是指通過某種方法有選擇性的分離或者富集基因組的特定區域。一種重要的方法是根據核酸分子堿基互補雜交原理設計與目的區域互補的探針序列，而根據雜交時狀態不同，目標序列捕獲可以分為固相雜交法和液相雜交法。液相雜交是通過在溶液中，目標DNA片段和已帶有生物素標記探針直接雜交，然后通過生物素親和素反應使目標DNA片段錨定在帶有親和素的微珠上。洗去非目標DNA，洗脫后，富集的DNA用于測序。相較于固相雜交，液相雜交具有操作簡便、易于自動化等優點。常規的探針設計方式為探針間首尾相連，且不存在重疊部分，這樣做的缺點是在基因文庫中BRCA1/2基因多數片段只能被單一探針捕獲，且探針交界處的捕獲效果差，造成捕獲效率偏低。同時，常規探針設計方式對探針長度和Tm值無特殊要求，這就導致探針間差異較大，在相同的實驗條件下絕大多數探針不能同時達到最佳的捕獲效果。
技術實現思路
本專利技術的目的是提供一種基于高通量測序檢測人BRCA1/2基因的捕獲探針及試劑盒。本專利技術的人BRCA1/2捕獲探針是多條探針的混合物，所述多條探針分別能夠捕獲人BRCA1/2基因上不同的目標區域。在優選的實施方案中，所述多條探針的集合能夠捕獲人BRCA1/2基因全部編碼外顯子區域及外顯子內含子交接區域，減少非特異性捕獲，同時雜交溫度均一。根據本專利技術的一個方面，提供用于人BRCA1/2基因變異的高通量測序檢測的捕獲探針，所述捕獲探針為多條探針的混合物；所述多條探針能覆蓋全部目標區域；所述多條探針之間存在重疊區，使得所有目標區域均被兩條以上探針覆蓋；所述多條探針的長度均為90-130bp；所述多條探針的Tm值在65-75℃之間。本專利技術中，目標區域是指包含人BRCA1/2基因上的任何一個或多個變異的區域。本專利技術中，全部目標區域優選為人BRCA1/2基因全部編碼外顯子區域及外顯子內含子交接區域。根據本專利技術的一個方面，提供用于人BRCA1/2基因變異的高通量測序檢測的捕獲探針混合物，所述捕獲探針混合物至少包括具有SEQIDNO:1-4,28-30,34-36,42-47,55,56,59-61,63-67,70,71,73-84,86,87,91-96,98,100-106,108-111,113-117,119,120,122-124,127-130,132-138,140,141,143,145-155,158-166,169-189,191-193,196-201,203,205-210,213-220,223,224,226,227,233-240,243,246-248,250-253,255,260-262,264-268,274,275,277-285,288-290,293-299,301,304-306,308-311,313,314,316,317,319,320,322-342,345-348,351,354-358,362,363,366-368,372-375,379-382,386-393,403-405,409-440,445-510,534和535所示序列的368條探針。在一些實施方案中，所述捕獲探針混合物由具有SEQIDNO:1-4,28-30,34-36,42-47,55,56,59-61,63-67,70,71,73-84,86,87,91-96,98,100-106,108-111,113-117,119,120,122-124,127-130,132-138,140,141,143,145-155,158-166,169-189,191-193,196-201,203,205-210,213-220,223,224,226,227,233-240,243,246-248,250-253,255,260-262,264-268,274,275,277-285,288-290,293-299,301,304-306,308-311,313,314,316,317,319,320,322-342,345-348,351,354-358,362,363,366-368,372-375,379-382,386-393,403-405,409-440,445-510,534和535所示序列的368條探針組成。在另一些實施方案中，所述捕獲探針混合物還進一步包括一條或更多條具有選自SEQIDNO:5-27,31-33,37-41,48-本文檔來自技高網...
【技術保護點】
用于人BRCA1/2基因變異的高通量測序檢測的捕獲探針，所述捕獲探針為多條探針的混合物；所述多條探針能覆蓋全部目標區域；所述多條探針之間存在重疊區，使得所有目標區域均被兩條以上探針覆蓋；所述多條探針的長度均為90?130bp；所述多條探針的Tm值在65?75℃之間。
【技術特征摘要】
1.用于人BRCA1/2基因變異的高通量測序檢測的捕獲探針，所述捕獲探針為多條探針的混合物；所述多條探針能覆蓋全部目標區域；所述多條探針之間存在重疊區，使得所有目標區域均被兩條以上探針覆蓋；所述多條探針的長度均為90-130bp；所述多條探針的Tm值在65-75℃之間。2.權利要求1的捕獲探針，所述捕獲探針至少包括具有SEQIDNO:1-4,28-30,34-36,42-47,55,56,59-61,63-67,70,71,73-84,86,87,91-96,98,100-106,108-111,113-117,119,120,122-124,127-130,132-138,140,141,143,145-155,158-166,169-189,191-193,196-201,203,205-210,213-220,223,224,226,227,233-240,243,246-248,250-253,255,260-262,264-268,274,275,277-285,288-290,293-299,301,304-306,308-311,313,314,316,317,319,320,322-342,345-348,351,354-358,362,363,366-368,372-375,379-382,386-393,403-405,409-440,445-510,534和535所示序列的368條探針。3.權利要求2的捕獲探針，所述捕獲探針由具有SEQIDNO:1-4,28-30,34-36,42-47,55,56,59-61,63-67,70,71,73-84,86,87,91-96,98,100-106,108-111,113-117,119,120,122-124,127-130,132-138,140,141,143,145-155,158-166,169-189,191-193,196-201,203,205-210,213-220,223,224,226,227,233-240,243,246-248,250-253,255,260-262,264-268,274,275,277-285,288-290,293-299,301,304-306,308-311,313,314,316,317,319,320,322-342,345-348,351,354-358,36...
【專利技術屬性】
技術研發人員：熊磊，李福根，謝正華，王大磊，
申請(專利權)人：埃提斯生物技術上海有限公司，
類型：發明
國別省市：上海;31
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