本發(fā)明專利技術(shù)涉及一種污染成分琥珀腈降解微生物根瘤菌USDA110及其同屬物種密碼子庫，是基于windows7系統(tǒng)下的能夠方便用戶查詢獲取數(shù)據(jù)的功能全面的數(shù)據(jù)庫，該數(shù)據(jù)庫涉及十一個表格，涵蓋了五個物種每個基因的密碼子信息、最優(yōu)密碼子資料及各密碼子信息的內(nèi)在關(guān)聯(lián)。本發(fā)明專利技術(shù)方便不同根瘤菌密碼子使用的差異比較、降解環(huán)境污染物的根瘤菌與不能降解根瘤菌密碼子使用的差異的比較，進(jìn)而作為參考，查找新的降解污染物種類或品系。本發(fā)明專利技術(shù)適用于環(huán)境治理、生物進(jìn)化研究、工業(yè)生產(chǎn)、品系鑒定等多個領(lǐng)域，具有廣闊的應(yīng)用前景。
【技術(shù)實(shí)現(xiàn)步驟摘要】
本專利技術(shù)涉及污染成分琥珀腈降解微生物根瘤菌USDA 110及其同屬物種密碼子庫。
技術(shù)介紹
同義密碼子的分布是不均勻的，稱為密碼子的偏好性。密碼子的簡并性使得大部分的氨基酸能夠被不只一種密碼子編碼。突變偏好性、DNA修復(fù)和DNA的復(fù)制的不對稱性、選擇能夠?qū)е旅艽a子偏好性的形成。調(diào)控傾向于使同義密碼子的使用適用于最大量的轉(zhuǎn)運(yùn)RNA種類,進(jìn)而提聞翻譯的效率和精確性。在聞表達(dá)基因中，例如核糖體蛋白，選擇能提聞偏好密碼子的頻度。理解控制根瘤菌USDA 110的降解琥珀腈蛋白(例如腈水合酶)的翻譯效 率是一個重要的挑戰(zhàn)。根瘤菌USDA 110全長基因組的可用性使得我們能夠從密碼子角度找尋一些線索。但前提是所有的根瘤菌USDA 110密碼子資料可用。同時掌握其他根瘤菌密碼子資料能夠?yàn)楦鼍倪M(jìn)化和發(fā)現(xiàn)新的降解琥珀腈物種或品系提供參考和科學(xué)的基礎(chǔ)保障。
技術(shù)實(shí)現(xiàn)思路
本專利技術(shù)的目的在于填補(bǔ)上述的空白，設(shè)計(jì)開發(fā)了一個污染成分琥珀腈降解微生物根瘤菌USDA 110及其同屬物種密碼子庫。本專利技術(shù)提供一種能夠簡單實(shí)用、用戶群廣泛的污染成分琥珀腈降解微生物根瘤菌USDA 110及其同屬物種密碼子庫，能夠通過網(wǎng)絡(luò)傳播和下載。憑借專業(yè)的生物降解知識、數(shù)據(jù)庫開發(fā)軟件及密碼子分析軟件CodonW獲取不同工業(yè)廢水重要污染成分琥珀腈降解微生物大豆慢生根瘤菌USDA 110及其同屬物種的密碼子信息，完成了對大豆慢生根瘤菌USDA110，大豆慢生根瘤菌USDA 6，花生根瘤菌BTAil，花生根瘤菌ORS 278和花生根瘤菌S23321的密碼子信息的存檔，相關(guān)用戶能夠便利地獲取所需信息。污染成分琥珀腈降解微生物根瘤菌USDA 110及其同屬物種密碼子庫具有多樣的用途，包括密碼子信息的查詢、密碼子偏好性的分析、密碼子信息之間的關(guān)聯(lián)、不同根瘤菌密碼子使用的差異比較、降解環(huán)境污染物的根瘤菌與不能降解根瘤菌密碼子使用的差異的比較，進(jìn)而作為參考，查找新的降解污染物種類或品系。本專利技術(shù)適用于環(huán)境治理、生物進(jìn)化研究、工業(yè)生產(chǎn)、品系鑒定等多個領(lǐng)域，具有廣闊的應(yīng)用前景。本專利技術(shù)中所述的USDA 110 為 Bradyrhizobium japonicum USDA 110 簡寫。I.本專利技術(shù)所需的硬件為個人電腦； 2.本專利技術(shù)所需的軟件為Windows7系統(tǒng)、文本編輯器、SPSS 18. O統(tǒng)計(jì)分析軟件、SigmaPlot 11. 0> Microsoft Visual FoxPro 9. O 中文版、MEGA 和密碼子分析軟件; 3.通過密碼子分析軟件逐一分析每個基因組的密碼子信息，制成表格，按各基因在基因組中出現(xiàn)的先后位置呈現(xiàn)；4.通過卡方檢驗(yàn)識別各物種的最優(yōu)密碼子，并根據(jù)物種產(chǎn)生五個表格，分別存儲每個物種的最優(yōu)密碼子資料。5.運(yùn)行SPSS 18. O,分析每個物種密碼子信息之間的pearson關(guān)聯(lián)。并制成表格。6.最后將所有表格導(dǎo)入到數(shù)據(jù)庫中，建立索引和表單，生成污染成分琥珀腈降解微生物根瘤菌USDA 110及其同屬物種密碼子庫。本專利技術(shù)的優(yōu)點(diǎn) I.本專利技術(shù)涵蓋了 NCBI數(shù)據(jù)庫中所有全長基因組可用的根瘤菌種類，內(nèi)容豐富飽滿全面。2.本專利技術(shù)不僅提供每個基因的全面的密碼子信息，而且分析了整個物種的最優(yōu)密碼子，并給出了同一物種不同密碼子信息之間的內(nèi)在關(guān)聯(lián)。3.本專利技術(shù)設(shè)計(jì)精妙，外觀唯美、用戶群體廣泛。4.本專利技術(shù)能夠方便降解環(huán)境污染物的根瘤菌與不能降解根瘤菌密碼子使用的差異的比較，進(jìn)而作為參考，查找新的降解污染物種類或品系。附圖說明圖I:本專利技術(shù)的流程圖。圖2 :本專利技術(shù)涉及的五種根瘤菌的基本資料。具體實(shí)施例方式實(shí)施例I : 雙擊運(yùn)行污染成分琥珀腈降解微生物根瘤菌USDA 110及其同屬物種密碼子庫。選擇所需查詢的根瘤菌種類，進(jìn)而獲取密碼子信息。具體結(jié)果見圖I。實(shí)施例2: 五種根瘤菌基本資料。具體結(jié)果見圖2。權(quán)利要求1.污染成分琥珀腈降解微生物根瘤菌USDA110及其同屬物種密碼子庫，其特征在于，由五個密碼子基本資料查詢表單、偏好密碼子查詢表單和一個密碼子關(guān)聯(lián)表單構(gòu)成，包括了所有全長基因組可用的根瘤菌的密碼子數(shù)據(jù)，每個查詢表單鏈接到一個表格，每個表格設(shè)計(jì)嚴(yán)密，密碼子數(shù)據(jù)全面，幾乎可以查到每個基因的密碼子信息，用戶可以通過選擇一個物種，進(jìn)而選擇一個基因，獲取到該基因的密碼子信息，密碼子關(guān)聯(lián)表單主要是方便用戶查詢密碼子不同信息之間的pear son關(guān)聯(lián)。2.根據(jù)權(quán)利要求I所述的污染成分琥珀腈降解微生物根瘤菌USDA110及其同屬物種密碼子庫，其特征在于，五種根瘤菌為大豆慢生根瘤菌USDA 110 {Bradyrhizobiumjaponicum USDA 110),大豆慢生根瘤菌 USDA 6 {Bradyrhi zobi um japonicum USDA 6),花生根瘤菌 BTAil (i ra 辦rAizoAia sp. BTAi I),花生根瘤菌 ORS 278 {Bradyrhi zobi um sp.ORS 278)和花生根瘤菌 S23321 (.Bradyrhizobiumsv. S23321)。3.—種權(quán)利要求I所述的污染成分琥珀腈降解微生物根瘤菌USDA 110及其同屬物種密碼子庫，其特征在于，密碼子信息包括CodonW所能計(jì)算的全部信息，主要包括密碼子有效數(shù)量、密碼子第三位的GC含量、基因的GC含量、密碼子適應(yīng)性索引。4.一種權(quán)利要求I所述的污染成分琥珀腈降解微生物根瘤菌USDA 110及其同屬物種密碼子庫，其特征在于，數(shù)據(jù)庫操作界面，是表單交互式界面，用戶能夠通過選擇一個編碼序列來查詢相應(yīng)的密碼子資料。5.根據(jù)權(quán)利要求I所述的污染成分琥珀腈降解微生物根瘤菌USDA110及其同屬物種密碼子庫，其特征在于，基因序列的總數(shù)為38145。全文摘要本專利技術(shù)涉及一種污染成分琥珀腈降解微生物根瘤菌USDA110及其同屬物種密碼子庫，是基于windows7系統(tǒng)下的能夠方便用戶查詢獲取數(shù)據(jù)的功能全面的數(shù)據(jù)庫，該數(shù)據(jù)庫涉及十一個表格，涵蓋了五個物種每個基因的密碼子信息、最優(yōu)密碼子資料及各密碼子信息的內(nèi)在關(guān)聯(lián)。本專利技術(shù)方便不同根瘤菌密碼子使用的差異比較、降解環(huán)境污染物的根瘤菌與不能降解根瘤菌密碼子使用的差異的比較，進(jìn)而作為參考，查找新的降解污染物種類或品系。本專利技術(shù)適用于環(huán)境治理、生物進(jìn)化研究、工業(yè)生產(chǎn)、品系鑒定等多個領(lǐng)域，具有廣闊的應(yīng)用前景。文檔編號G06F19/28GK102880813SQ20121039948公開日2013年1月16日 申請日期2012年10月19日 優(yōu)先權(quán)日2012年10月19日專利技術(shù)者萬俊松, 陳明 申請人:萬俊松本文檔來自技高網(wǎng)...
【技術(shù)保護(hù)點(diǎn)】
污染成分琥珀腈降解微生物根瘤菌USDA？110及其同屬物種密碼子庫，其特征在于，由五個密碼子基本資料查詢表單、偏好密碼子查詢表單和一個密碼子關(guān)聯(lián)表單構(gòu)成，包括了所有全長基因組可用的根瘤菌的密碼子數(shù)據(jù)，每個查詢表單鏈接到一個表格，每個表格設(shè)計(jì)嚴(yán)密，密碼子數(shù)據(jù)全面，幾乎可以查到每個基因的密碼子信息，用戶可以通過選擇一個物種，進(jìn)而選擇一個基因，獲取到該基因的密碼子信息，密碼子關(guān)聯(lián)表單主要是方便用戶查詢密碼子不同信息之間的pearson關(guān)聯(lián)。
【技術(shù)特征摘要】
【專利技術(shù)屬性】
技術(shù)研發(fā)人員：萬俊松，陳明，
申請(專利權(quán))人：萬俊松，
類型：發(fā)明
國別省市：
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