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    診斷新生物的方法-Ⅱ技術

    技術編號:6548999 閱讀:256 留言:0更新日期:2012-04-11 18:40
    本發明專利技術總體上涉及核酸分子,所述核酸分子的DNA或RNA或蛋白質表達譜的改變代表發生新生物、發生新生物的傾向性和/或新生物的進展。更具體地,本發明專利技術涉及核酸分子,所述核酸分子的DNA或RNA或蛋白質表達譜的改變代表大腸新生物(例如腺瘤或腺癌)的發生和/或進展。本發明專利技術的DNA或表達譜的用途包括但不限于結直腸新生物(例如結直腸腺癌)的診斷和/或監測。因此,本發明專利技術的另一方面涉及通過篩查一或多種核酸分子標記物的DNA或RNA或蛋白質表達譜的調變而篩查個體發生新生物、發生新生物的傾向性和/或新生物的進展的方法。

    【技術實現步驟摘要】
    【國外來華專利技術】
    本專利技術總體上涉及核酸分子,所述核酸分子的DNA或RNA或蛋白質表達譜的改變 代表發生新生物、發生新生物的傾向性和/或新生物的進展。更具體地,本專利技術涉及核酸分 子,所述核酸分子的DNA或RNA或蛋白質表達譜的改變代表大腸新生物(例如腺瘤或腺癌) 的發生和/或進展。本專利技術的DNA或表達譜的用途包括但不限于結直腸新生物(例如結直 腸腺癌)的診斷和/或監測。因此,本專利技術的另一方面涉及通過篩查一或多種核酸分子標 記物的DNA或RNA或蛋白質表達譜的調變而篩查個體發生新生物、發生新生物的傾向性和 /或新生物的進展的方法。
    技術介紹
    本說明書中按照作者姓名引用的出版物的詳細信息以字母順序匯集在說明書的最后。本說明書中對任何現有技術出版物(或自其產生的信息)或任何已知事物的引用 均不是并且也不應該被認為是承認或以任何形式提示該現有技術出版物(或自其產生的 信息)或已知事物構成本說明書所涉及的
    的公知常識的一部分。腺瘤是上皮來源的良性腫瘤或新生物(neoplasms),它們源自腺體組織或展現出 清楚的腺狀結構。一些腺瘤顯示出可識別的組織特征,例如纖維組織(纖維腺瘤)和上皮 結構,而其他一些,例如支氣管腺瘤,產生活性化合物可導致出現臨床綜合征。腺瘤可以進展變成侵襲性新生物,稱為腺癌。因此,腺癌被定義為來源于腺體結構 (體內許多數器官的組成部分)的惡性上皮腫瘤。術語腺癌也適用于顯示出腺樣生長模式 的腫瘤。可以根據這些腫瘤所產生的物質(例如粘液分泌型和漿液型腺癌)或它們的細胞 在顯微鏡下排列成的方式(例如乳頭狀和濾泡狀腺癌)而將它們分為亞型。這些癌癥可以 是實體性的或囊性的(囊腺癌)。各個器官可產生多種組織類型的腫瘤,例如卵巢可產生粘 液性和囊腺癌。不同器官的腺瘤具有不同的行為。一般而言,腺瘤的總體癌變(即,在良性病變內 已經出現癌灶)發生率大約為5%。不過,這與腺瘤的大小相關。例如,在大腸(具體為結 腸和直腸)內,小于1厘米的腺瘤中極少發生癌變。但在大于4厘米且顯示出特定組織病理 學改變如絨毛改變或高度發育異常(dysplasia)的腺瘤中,癌變發生率估計為40至50%。 發育異常程度越高的腺瘤其癌變發生率也越高。在任何給定的結直腸腺瘤中,該器官中目 前存在癌癥或未來出現癌癥的預測因子包括大小(特別是大于9mm)、從管狀轉變為絨毛狀 形態學的改變程度、存在高度發育異常以及稱為“鋸齒狀腺瘤(serrated adenoma) ”的形態 學改變。在任何給定的個體中,年齡增加、家族中出現結直腸腺瘤或癌、男性或多個腺瘤等 額外因素,提示未來該器官癌變的風險增加——這些是所謂的癌癥風險因子。除了腺瘤的 存在及其大小之外,這些因子均未被客觀定義,且除了數量和大小之外的因子均易于受到 觀察者的錯誤以及對該因素沒有準確定義的混亂情況的影響。由于這些因子難以評估和定 義,它們作為當前和未來發生癌癥的風險預測因子的價值是不確定的。—旦出現散發的腺瘤,在沈個月內出現新腺瘤的機會大約為30%。結直腸腺瘤這類腺瘤的發病率逐漸增加,特別是在較富裕的國家。引起腺瘤及其 進展為腺癌的原因仍然是熱門研究課題。目前認為除了遺傳易感性以外,環境因素(例如 飲食)在該病的發生中也起作用。大多數研究指出有關的環境因素涉及飲食中的高脂肪、 低纖維、低蔬菜攝入、肥胖、體力活動少和大量精制碳水化合物。結腸腺瘤是局部的發育異常上皮病灶,最初可僅累及一或幾個隱窩,可不突出表 面,但不斷長大,通常是增殖和/或凋亡失衡所致,結腸腺瘤可以是突出的。腺瘤可通過不 同方式加以分類。一種方式是根據其大體的外觀,主要的描述符包括突出的程度平坦無蒂 (即,突出但無明顯的蒂)或有蒂(即,具有蒂)。其他大體描述符包括最大方向上的實際 長度以及在結腸/直腸內的實際數量。小腺瘤(例如小于5或10毫米)具有平滑的黃褐 色表面,而有蒂且特別是是較大的腺瘤傾向于具有鵝卵石樣或分葉狀的棕紅色表面。較大 的無蒂腺瘤可具有更加細致的絨毛表面。另一類描述符包括組織病理學分類具有臨床意 義的主要描述符包括發育異常的程度(低度或高度),是否存在侵潤癌灶,從管狀腺形成到 絨毛腺形成的轉變程度(據此分類為管狀、絨毛狀或管狀絨毛狀),存在混合增生改變以及 存在所謂的“鋸齒狀”腺瘤及其亞組。腺瘤可位于結腸和/或直腸的任何部位,但它們在在 直腸和遠端結腸更加常見。除了數量和大小,所有這些描述符均相對主觀,在不同觀察者之 間可有不同意見。腺瘤的各種描述性特征的價值不僅在于可確定特定腺瘤的新生狀態,也可預測個 體將來發生結直腸腺瘤或癌的風險。提示個體將來發生癌或反復出現新腺瘤的風險的腺瘤 特征或腺瘤數量包括最大腺瘤的大小(特別是IOmm或以上),絨毛狀改變的程度(特別 是至少25%的此類改變,尤其是100%的此類改變),高度發育異常,數量(3個或以上的任 何大小或組織學狀態的腺瘤)或存在鋸齒狀腺瘤特征。除了大小和數量,這些描述符無一 是客觀的,它們均相對主觀,在不同觀察者之間可有不同意見。這些關于將來發生新生物形 成(neoplasia)的風險的預測因子在實踐中至關重要,這是因為它們可用于確定將來是否 需要進行結腸鏡監測及其頻率。因此,更加精確的風險分類或許可降低結腸鏡的需要量,提 高成本效益率,并降低因不必要的操作所導致的并發癥的風險。腺瘤通常是無癥狀的,因此在它們可能出現侵襲特性并變成癌之前的階段難以對 其做出診斷和治療。從技術上講,無法基于腺瘤的大體外觀預測是否存在癌癥,不過認為較 大的腺瘤較較小的腺瘤更有可能出現惡性改變區域。無蒂腺瘤較同等大小的有蒂腺瘤具有 更高的癌變率。一些腺瘤導致失血,可在糞便中觀察到或檢測到這種失血;盡管有時是肉眼 可見的,但當其發生時,通常是顯微鏡下的或為“潛血”。較大的腺瘤比較小的腺瘤更容易出 血。但是,由于便血(無論是明顯的還是潛血)也可以由非腺瘤性病變引起,因此在不進行 高創傷性方法例如結腸鏡加切除(即,息肉切除術)或活檢獲取組織并隨后進行組織病理 學分析的情況下很難準確診斷腺瘤。因此,一直需要闡明腺瘤的原因并開發更具指示性的診斷方案或診斷輔助方法, 以便能夠對更有可能具有腺瘤的人直接進行結腸鏡檢查。這些腺瘤可能是高風險的,高度 進展的,或既不是高風險的也不是進展的,特別是那些能夠實現快速、常規和準確診斷腺瘤 的方案。此外,在結腸鏡后也難以確定是否所有腺瘤均已切除,對于患有多發腺瘤的人尤其 如此。準確的篩查測試可最大程度降低對通過進行早期第二次結腸鏡檢查以確保結腸的新生物已經被清除的需求。因此,鑒定腺瘤的分子標記物將為理解腺瘤和癌癥的成因、改進腺 瘤的診斷(包括開發有用的篩查測試法)、闡明腺瘤的組織學階段、根據腺瘤的分子狀態表 征患者未來發生結直腸新生物形成的風險和促進腺瘤治療等提供手段。迄今為止的研究集中于鑒定那些導致發生結直腸新生物的基因突變。但導致作出 本專利技術的研究則是確定那些同樣表達于健康個體的基因的DNA或RNA或蛋白質表達譜的改 變,所述改變代表發生大腸新生物(例如腺瘤和腺癌)。已經進一步確定,就大腸新生物而 言,可基于一組這樣的差異性表達基因中的一或多個基因而作出診斷。在一個有關的方面, 已經進一步確定,對于無論是通過采用本專利技術的方法還是采用其他方法本文檔來自技高網...

    【技術保護點】
    篩查個體發生大腸新生物或發生大腸新生物的傾向性或監測新生物的進展的方法,所述方法包括評估來自所述個體的生物學樣品中的一或多種基因或轉錄物的表達水平,所述一或多種基因或轉錄物選自:(i)由以下Affymetrix探針組ID檢測到的基因或轉錄物:200600_at 210133_at 227235_at  200621_at 210139_s_at 227265_at  200795_at 210298_x_at 227404_s_at  200799_at 210299_s_at 227529_s_at  200845_s_at 210302_s_at 227561_at  200859_x_at 210495_x_at 227623_at  200897_s_at 210517_s_at 227662_at200974_at 210764_s_at 227705_at  200986_at 210809_s_at 227727_at  201041_s_at 210946_at 227826_s_at  201058_s_at 210982_47_at 217165_x_at  206576_s_at 221748_s_at 217232_x_at  206637_at 222043_at 217414_x_at  206641_at 222162_svat 218541_s_at  206710_s_at 222453_at 218546_at  206784_at 222513_s_at 219059_s_at  207003_at 222717_at 219543_at  207080_s_at 222722_at 219796_s_at  207134_x_at 223121_s_at 219948_x_at  207266_x_at 223122_s_at 220075_s_at  207502_at 223235_s_at 220266_s_at  207961_x_at 223343_at 220468_at  207977_s_at 223395_at 220645_at  207980_s_at 223551_at 220812_s_at  208131_s_ats_at 227827_at  201061_s_at 211161_s_at 228202_at  201069_at 211548_s_at 228504_at  201105_at 211596_s_at 228507_at  201223623_at 221004_s_at  208370_s_at 223952_x_at 221305_s_at  208383_s_at 224009_x_at 221584_s_at  208399_s_at 224352_s_at221841_s_at  208450_at 224412_s_at 221896_s_at  208581_x_at 224480_s_at 223484_at  208747_s_at 224560_at 223597_at  208763_s_at 224663_s_at 223754_at  208788_at 224694_at 224342_x_at  208789_at 224823_at 224989_at  208791_at 224836_at 224990_at  208792_s_at 224840_at 225458_at  208894_at 224959_at 225728_at  209047_at 224963_at 226147_s_at  209074_s_at 224964_s_at 226302_at  209101_at 225207_at 226594_at  209116_x_at 225242_s_at 226654_at  209138_x_at 225269_s_at 226811_at209147_s_at 225275_at 227052_at  209156_s_at 225353_s_at 227522_at  209167_at 225381_at 227682_at  209170_s_at 225442_at227725_at  209191_at 225575_at 227735_s_at  209209_s_at 225602_at 227736_at  209210_s_at 225604_s_at 228133_s_at  209283_at 225626_at 228195_at  209301_at 225688_s_at 228232_s_at  209312_x_at 225710_at 2282...

    【技術特征摘要】
    【國外來華專利技術】2007.10.23 US 60/982,1151.篩查個體發生大腸新生物或發生大腸新生物的傾向性或監測新生物的進展的方法, 所述方法包括評估來自所述個體的生物學樣品中的一或多種基因或轉錄物的表達水平,所 述一或多種基因或轉錄物選自(i)由以下Affymetrix探針組ID檢測到的基因或轉錄物200600_at210133_at227235_at200621_at210139__s_at227265_at200795_at210298__x_at227404__s_at200799_at210299__s_at227529__s_at200845__s_at210302__s_at227561_at200859__x_at210495__x_at227623_at200897__s_at210517__s_at227662_at200974_at210764__s_at227705_at200986_at210809__s_at227727_at201041__s_at210946_at227826__s_at201058__s_at210982__s_at227827_at201061__s_at211161__s_at228202_at201069_at211548__s_at228504_at201105_at211596__s_at228507_at201137__s_at211643__x_at228640_at201141_at211644__x_at228706__s_at201150__s_at211645__x_at228707_at201289_at211671__s_at228750_at201300__s_at211696__x_at228766_at201324_at211719__x_at228846_at201348_at211798__x_at228854_at201426__s_at211813__x_at228885_at201427__s_at211848__s_at229530_at201438_at211889__x_at229839_at201496__x_at211896__s_at230087_at201497__x_at211959_at230264__s_at201539__s_at211964_at230788_at201540_at211985__s_at230830_at201616__s_at211990_at231120__x_at201617__x_at211991__s_at231579__s_at201645_at212077_at231773_at201667_at212091__s_at234764__x_at201739_at212097_at234987_at201743_at212136_at236300_at201744s 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at224964s at226302at209101_at225207_at226594_at209116__x_at225242__s_at226654_at209138__x_at225269__s_at226811_at209147__s_at225275_at227052_at209156__s_at225353__s_at227522_at209167_at225381_at227682_at209170__s_at225442_at227725_at209191_at225575_at227735_s_at209209__s_at225602_at227736_at209210__s_at225604__s_at228133_s_at209283_at225626_at228195_at209301_at225688__s_at228232_s_at209312__x_at225710_at228241_at209335_at225720_at228469_at209357_at225721_at228961_at209373_at225782_at229070_at209436_at225894_at229254_at209457_at225895_at229659_s_at209496_at226001_at229831_at209498_at226051_at230595_at209612__s_at226084_at231925_at209613__s_at226103_at231975_s_at209621__s_at226303_at233565_s_at209651_at226304_at235146_at209656__s_at226333_at235766_x_at209667_at226430_at235849_at209668__x_at226492_at238143_at209687_at226682_at238750_at209735_at226694_at238751_at209763_at226818_at239272_at209868__s_at226834_at241994_at209948_at226841_at242447_at210084__x_at227006_at24260l_at227099__s_at227061_at243278_at ;和,(ii)CLCA4SGKMTlXZG16CFL2A0C3CA2CISPPAP2ACAlSELENBP1ZSCAN18MS4A12MTlEIVDAQP8ADAMTS1SFRPlSLC4A4ITM2AC0L4A2CEACAM7P0U2AF1GPM6BTAGLNFAM55DEPB41L3GUCAlBC6orf204MAOAGCGAKAP12DMDADHlBTUBB6MSRB3UGT2B17LGALS2PL0D2ADAMDEC1KIAA0828C9orfl9MTlMMGC14376MIER3AKR1B10PPP1R14AXDHFNlMUC4CLDN23MGPPKIBSGCECXCL12PIGRF0XF2PDK4ASPNAGR3CA4A2MIGLJ3PYYL0C25845QKIIGHAlLGALSlL0C399959TPM2BCHEANKRD25C6orfl05ST6GALNAC1CRISPLD2HPGDGJAlANK2ADHlCSCNNlBL0C283666CLCAlFABP4CRYABFABPlF13A1ACATlENAMCD36IGLiCFDSPARCL1PBLDGUCA2BZCWPW2CCL8FBLNlTNCLIFRL0C63928MTlAHLA-DRBlABCA8L0C652745UGP2POSTNMALLIGKV1D-13DCNGNG2AP1S2ITLNlDNASE1L3EMP3C0L6A2EGRlMMP28FCGBPCMBLUGT2A3SLC26A2GCNT3RGS5PGM5SERPING1PTGISDMNMEISlDUSP5GPNMBEDN3MFAP4IGFBP5MSNUGT1A6CLEC3BMTlGPRKAR2BL0C253012TPSABlHHLA2DPTGPX3L0C652128PCKlCDKN2BC3CNNlFOSBATP2B4HSD17B2HSPAlAHBAlPLAC8CYBRDlTCF21TMEM47PTGER4PPIDOGNMAGlPPAP2BCALDlBEST2SPONlACTG2HLA-DQAlPHLDB2MGC4172PRIMAlRARRES2MAB21L2MTlFETHElRPL24MAFBMMP2ABCG2FAM107ASRICCDC80PRKACBCNTN3UGTlAlSELMRGS2MRClTYROBPC0L6A1HSDl1B2TNSlFBNlANPEPMYHllMXDlMATN2ITM2CPLCElPRNPCES2KCNMBlABI3BPMS4A4ACALMlHLA-CPDGFRAHLA-DPBlNDElCA12SM0C2SRPXFKBP5L0C285382WffTRlHSPB8CLIC5HMGCS2TPSB2APOEL0C646627FGL2SERPINF1KRT20ClQBPPP1R12BKLF4ANGPTL1HSPB6FHLlΜΕΡΙΑFNBPlARL14GUCYlA3C4orf34LUMUGDHS0RBS2SORBSlDUSPlGPA33METTL7AC2orf40GALNAC4S-6STFAMl29APLNCFHRlSCARA5UGT2B15MGC13057SIPDLIM3C10orf56ACTA2TP53INP2SULTIAlCD177ATP8B1TTRAPC10orf99ANK3CCL28C0L15A1CTGFIDH3ANR3C2MUCDHLEDG2DHRS9SDPRUGT1A8LMODlC0L14A1RAB27AEFEMPlDSCRlANTXRlGREMlCITED2EMPlIL1R2MTlHCSRPlL0C387763NEXNPLEKHC1TIMP3MUC2L0C572558MYLKNIDIF0XP2CLDN8HBBHSPA2RDXGCNT2ATP1A2TSPAN7C20orfll8TNXBTNFRSF17SLC20A1FUCAlSYNP02CD14MRGPRFVIMKCTD12HIGDlASMPDL3ARBMSlMFSD4P2RY14PTRFAXLCHGATSPANlAQPlC15orf48UGT1A9MAPlBC0L3A1C0X7A1PALLDCYR61MUC12MPEGlTRPM6PDCD4KLHL5OSTbetaCAVlTCEAL7IGLV1-44FAM46CFILIP1LVSIG2LRIGlIQGAP2IGHMHLA-DPAlPRDX6LRRC19Clorfll5RAB31CD163HBA2L0C96610CEACAM1EDIL3FGFR2TIMP2DESPAPSS2ENTPD5MT2AXLKDlDDR2KCNMAlSMTNCHRDLlGASlC8orf4SRGNTBC1D9SDCBP2PDE9A C7CCLllPMP22 P2RY1 FLNA NR3C1EL0VL5FOXFlSTMN2 STOM MYL9 CKB SEMA6D CLURELLl PNMAlL0C339562 PALM2-AKAP2PADI2 SLC26A3SFRP2 HLA-DRA UGTlA3 TSC22D3SEPPl SDC2 TGFBlIl SSTPAGlHCLSlRGSlFXYD6MS4A7 IL6ST ALDH1A1 ClQC0LFML3 C0L6A3其中相對于對照水平而言組(i)和/或組(ii)的基因或轉錄物的較低表達水平代表 新生性大腸細胞或傾向于發生新生狀態的細胞。2.權利要求1的方法,其中所述一或多種基因或轉錄物選自(i)由以下Affymetrix探針組ID檢測到的基因或轉錄物 220026_at ;和 / 或(ii)CLCA4。3.權利要求1的方法,其中所述一或多種基因或轉錄物選自(i)由以下Affymetrix探針組ID檢測到的基因或轉錄物 214142_at ;禾口 / 或(ii)ZG16。4.權利要求1的方法,其中所述一或多種基因或轉錄物選自(i)由以下Affymetrix探針組ID檢測到的基因或轉錄物 209301_at 205950_s_at ;和 / 或(ii)CA2CAl。5.權利要求1的方法,其中所述一或多種基因或轉錄物選自(i)由以下Affymetrix探針組ID檢測到的基因或轉錄物 220834_at ;和 / 或(ii)MS4A12。6.權利要求1的方法,其中所述一或多種基因或轉錄物選自(i)由以下Affymetrix探針組ID檢測到的基因或轉錄物 206784_at ;和 / 或(ii)AQP8。7.權利要求1的方法,其中所述一或多種基因或轉錄物選自 (i)由以下Affymetrix探針組ID檢測到的基因或轉錄物 203908_at,206198_s_at,205547_s_at,207003_at,206422_at, 209613_s_at,207245_at ;和 / 或(ii)SLC4A4, CEACAM7, TAGLN,⑶CA1B,GCG,ADH1B, UGT2B1708.權利要求1的方法,其中所述一或多種基因或轉錄物選自(i)由以下Affymetrix探針組ID檢測到的基因或轉錄物 206134_at,217546_at,20656l_s_at,211719_x_at,20229l_s_at 209687_at ;和 / 或(ii)ADAMDECl,MT1M, AKR1B10, FNl, MGP, CXCLl2 9.權利要求1的方法,其中所述一或多種基因或轉錄物選自 (i)由以下Affymetrix探針組ID檢測到的基因或轉錄物225207_at211548__s_at205382__s_at206208_at206262_at207502_at207080_s_at210107_at202995__s_at215118_s_at205892__s_at206149_at204083_s_at212592_at204719_at229070_at ;和/或(ii)PDK4 HPGD CA4ADHlCPYYCLCAlIGHAl FABPl TPM2ENAMC6orfl05。10.權利要求1的方法,其中所述一或多種基因或轉錄物選自 (i)由以下Affymetrix探針組ID檢測到的基因或轉錄物CFDGUCA2B FBLNl L0C63928 ABCA8210809__s_at201617__x_at202133_at201893__x_at202274_at204607_at223597_at218756__s_at238143_at209156__s_at210302__s_at213953_at203240_at228885_at220266__s_at224963_at209735_at210299__s_at226303_at228504_at220468_at212730_at225242__s_at201744__s_at201141_at215125__s_at218087__s_at211959_at204438_at207761__s_at205200_at204130_at217967__s_at242601_at202888__s_at229839_at213068_at202350__s_at206664_at208383__s_at201300__s_at200974_at203951_at223395_at219669_at204818at214768χ at227736at219014_at228133_s_at 203477.209656丄at 204955_at 205259222722_at ;和 / 或(ii)POSTNOGNWffTRlDCNCALDlHMGCS2ITLNlACTG2L0C646627C0L6A2MGC4172 KRT20FCGBPMAB21L2 KLF4SLC26A2RPL24FHLlPGM5ABCG2ARL14DMNCCDC80LUMGPNMBUGTlAlSORBSlIGFBP5MRClMETTL7ACLEC3BHSDl1B2FAMl29AL0C253012ANPEPSCARA5DPTMATN2SIPCKlPRNPACTA2CNNlABI3BPCD 177HSD17B2HLA-CC10orf99PLAC8NDElC0L15A1TMEM47SRPXNR3C2。11.權利要求1-10中任一項的方法,其中所述新生細胞是腺瘤或腺癌。12.權利要求1的方法,其中所述新生物是腺瘤,且所述一或多種基因或轉錄物選自 (i)由以下Affymetrix探針組ID檢測到的基因或轉錄物200600_at208788_at215382__x_at200665__s_at208789_at215388__s_at200799_at208894_at216442__x_at200845__s_at209047_at216474__x_at200859__x_at209101_at216834_at200897__s_at209138__x_at217480__x_at200974_at209147__s_at217757_at200986_at209156__s_at217762__s_at201041__s_at209191_at217764__s_at201061__s_at209209__s_at217767_at201069_at209210__s_at217897_at201105_at209312__x_at218162_at201137__s_at209335_at218224_at201141_at209436_at218312__s_at201150s at209457at218353at·201289 at209496 at218418 S at·201300 S at209621 S at218468 S at·2014...

    【專利技術屬性】
    技術研發人員:L·C·拉普安特R·鄧恩G·P·揚T·J·洛基特W·J·威爾遜P·L·莫洛伊
    申請(專利權)人:臨床基因組學有限公司聯邦科學技術研究組織
    類型:發明
    國別省市:AU

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