檢測高山美利奴羊INPP5E基因CNV標記的方法及應用技術

本發明專利技術屬于分子生物學檢測技術領域，具體涉及一種檢測高山美利奴羊INPP5E基因CNV標記的方法及應用，本發明專利技術提供了一種與高山美利奴羊羊毛性狀相關的CNV標記，位于高山美利奴羊INPP5E基因外顯子區域chr3：2926901

【技術實現步驟摘要】
檢測高山美利奴羊INPP5E基因CNV標記的方法及應用


[0001]本專利技術屬于分子生物學檢測
，具體涉及一種檢測高山美利奴羊INPP5E基因CNV標記的方法及應用。

技術介紹

[0002]羊毛是指覆蓋在羊體表面的一層具有紡織價值的纖維，是皮膚的衍生物。羊毛是毛紡工業的主要原料，約占毛紡原料的97％，主要用來加工服裝面料、毛線、毛毯等產品。在羊毛生產和育種實踐中，羊毛性狀是重要的經濟性狀，主要包括毛長、產毛量、平均纖維直徑、彎曲度、斷裂強度、伸度、凈毛率等多個指標，與織造產品和經濟效益密切相關。由于人口增長，羊毛的需求已經超過了供給。隨著市場需求的變化，生產優質羊毛已成為山羊育種的主要目標。
[0003]高山美利奴羊是以甘肅高山細毛羊為母本，澳洲美利奴羊為父本，綜合利用現代先進生物技術和育種技術，經過20年育成的世界首例適應海拔2400～4070m高山寒旱生態區，羊毛纖維直徑主體為19.0～21.5μm的美利奴羊新品種。羊毛形狀也是決定其經濟價值的一項重要指標，并且羊毛形狀的客觀檢驗在羊毛銷售中越來越受到重視，它與紡織性能、育種和生產三者間結合的越來越緊密。
[0004]與傳統育種方法相比，分子標記輔助選擇方法具有許多優勢，例如可以明顯縮短世代間隔，提高選擇準確性，提前選擇時間，同時對它低遺傳力性狀、早期未表現的性狀、活體難以度量或者度量難度較大、成本較高的性狀，有良好的選擇效果。拷貝數變異(Copy Number Variations，CNVs)，作為一種新發現的基因組亞顯微水平結構變異類型，是指基因組DNA中較大片段的缺失或重復現象，涉及的片段大小在50bp到數Mb之間，包括拷貝數增加(Copy number gain)和拷貝數減少(Copy number loss)。
[0005]CNV常用的檢測方法主要分為在全基因組范圍內檢測未知CNV和用于定點檢測或驗證已知CNV兩類。基因組未知CNV常用的檢測方法有芯片法和測序法，但是，這兩種方法受檢測平臺的局限，而且價格昂貴；對于已確定的CNV的檢測，通常是采用基于PCR技術和雜交技術的一些方法。其中，實時熒光定量PCR(QPCR)最為常用。QPCR通過對目的基因(具有拷貝數變異)及參考基因(無拷貝數變異)進行相對定量，根據2
?
ΔΔCt
方法統計檢測樣本候選基因的拷貝數。該方法操作簡單，普適度高，速度快，受認同程度高。
[0006]肌醇多聚磷酸5
?
磷酸酶基因(inositol polyphosphate
?5?
phosphatase，INPP5E)所編碼的肌醇多聚磷酸5
?
磷酸酶存在于細胞質、細胞骨架、纖毛軸絲、高爾基體、高爾基體膜、外周膜蛋白等位置，研究表明INPP5E通過調節磷酸肌醇信號，調控包括囊泡運輸，細胞骨架動力，蛋白質的合成，增殖和存活等許多細胞活動。但目前，尚未見有關INPP5E基因CNV與綿羊羊毛性狀的關聯性研究的文獻報道。

技術實現思路

[0007]本專利技術提供了一種檢測高山美利奴羊INPP5E基因CNV標記的方法及應用，尤其涉
及一種基于QPCR技術檢測高山美利奴羊INPP5E基因CNV標記的方法及其應用。具體包括以下內容：
[0008]第一方面，本專利技術提供了一種與高山美利奴羊羊毛凈毛率性狀相關的CNV標記，所述CNV標記位于高山美利奴羊INPP5E基因外顯子區域chr3：2926901
?
2927900。
[0009]第二方面，本專利技術提供了檢測上述第一方面所述高山美利奴羊羊毛凈毛率性狀相關的CNV標記的試劑在檢測高山美利奴羊羊毛凈毛率中的應用；所述試劑擴增上述第一方面所述CNV標記和內參基因ANKRD1。
[0010]優選地，所述擴增結果根據2
×2?
ΔΔCt
法定義拷貝數變異類型：2
×2?
ΔΔCt
＝2為正常型，2
×2?
ΔΔCt
>2為插入型，2
×2?
ΔΔCt
<2為缺失型；所述正常型的羊毛凈毛率優于缺失型和插入型。
[0011]優選地，所述試劑包括權利要求1所述CNV標記的擴增引物對P1：
[0012]上游引物F1：5'
?
CCTGACCTCCCCGCGCCATG
?
3'；
[0013]下游引物R1：5'
?
TCAAACGGTGAACCAGGATGTGC
?
3'；
[0014]和內參基因ANKRD1的擴增引物對P2：
[0015]上游引物F2：5'
?
TCTTGTACCGATTCAGCC
?
3'；
[0016]下游引物R2：5'
?
TTCACTCGTTTATTGGGAT
?
3'。
[0017]第三方面，本專利技術提供了一種檢測上述第一方面所述高山美利奴羊羊毛凈毛率性狀相關的CNV標記的試劑在高山美利奴羊早期育種中的應用；所述試劑擴增上述第一方面所述CNV標記和內參基因ANKRD1。
[0018]優選地，所述擴增結果根據2
×2?
ΔΔCt
法定義拷貝數變異類型：2
×2?
ΔΔCt
＝2為正常型，2
×2?
ΔΔCt
>2為插入型，2
×2?
ΔΔCt
<2為缺失型；所述正常型的羊毛凈毛率優于缺失型和插入型。
[0019]優選地，所述試劑包括權利要求1所述CNV標記的擴增引物對P1：
[0020]上游引物F1：5'
?
CCTGACCTCCCCGCGCCATG
?
3'；
[0021]下游引物R1：5'
?
TCAAACGGTGAACCAGGATGTGC
?
3'；
[0022]和內參基因ANKRD1的擴增引物對P2：
[0023]上游引物F2：5'
?
TCTTGTACCGATTCAGCC
?
3'；
[0024]下游引物R2：5'
?
TTCACTCGTTTATTGGGAT
?
3'。
[0025]第四方面，本專利技術提供了一種用于檢測與高山美利奴羊羊毛凈毛率性狀相關的CNV標記的引物對，所述引物對包括上述第一方面所述CNV標記的擴增引物對P1：
[0026]上游引物F1：5'
?
CCTGACCTCCCCGCGCCATG
?
3'；
[0027]下游引物R1：5'
?
TCAAACGGTGAACCAGGATGTGC
?
3'；
[0028]和內參基因ANKRD1的擴增引本文檔來自技高網...

【技術保護點】

【技術特征摘要】
1.一種與高山美利奴羊羊毛凈毛率性狀相關的CNV標記，其特征在于，所述CNV標記位于高山美利奴羊INPP5E基因外顯子區域chr3：2926901
?
2927900。2.檢測權利要求1所述高山美利奴羊羊毛凈毛率性狀相關的CNV標記的試劑在檢測高山美利奴羊羊毛凈毛率或高山美利奴羊早期育種中的應用；所述試劑擴增權利要求1所述CNV標記和內參基因ANKRD1。3.如權利要求2所述的應用，其特征在于，所述擴增結果根據2
×2?
ΔΔCt
法定義拷貝數變異類型：2
×2?
ΔΔCt
＝2為正常型，2
×2?
ΔΔCt
>2為插入型，2
×2?
ΔΔCt
<2為缺失型；所述正常型的羊毛凈毛率優于缺失型和插入型。4.如權利要求2所述的應用，其特征在于，所述試劑包括權利要求1所述CNV標記的擴增引物對P1：上游引物F1：5'
?
CCTGACCTCCCCGCGCCATG
?
3'；下游引物R1：5'
?
TCAAACGGTGAACCAGGATGTGC
?
3'；和內參基因ANKRD1的擴增引物對P2：上游引物F2：5'
?
TCTTGTACCGATTCAGCC
?
3'；下游引物R2：5'
?
TTCACTCGTTTATTGGGAT
?
3'。5.一種用于檢測與高山美利奴羊羊毛凈毛率性狀相關的CNV標記的引物對，其特征在于，所述引物對包括權利要求1所述CNV標記的擴增引物對P1：上游引物F1：5'
?
CCTGACCTCCCCGCGCCATG
?
3'；下游引物R1：5'
?
TCAAACGGTGAACCAGGATGTGC
?
3'；和內參基因ANKRD1的擴增引物對P2：上游引物F2：5'
?
TCTTGTACCGATTCAGCC
?
...

【專利技術屬性】
技術研發人員：袁超，盧曾奎，郭婷婷，劉建斌，岳耀敬，楊博輝，李建燁，牛春娥，
申請(專利權)人：中國農業科學院蘭州畜牧與獸藥研究所，
類型：發明
國別省市：