胃癌治療效果的預測制造技術(shù)

本發(fā)明專利技術(shù)提供了確定癌癥患者，特別是胃癌患者，是否會對采用序貫治療策略做出反應的方法，其中序貫治療策略包括首先施用FOLFIRI方案(伊立替康/5?氟尿嘧啶/亞葉酸)，然后單獨序貫施用聯(lián)合化療藥物多西紫杉醇和順鉑(FOLFIRI+多西紫杉醇/順鉑)。用SRM質(zhì)譜法直接在腫瘤細胞，特別是胃癌腫瘤細胞中精確檢測和定量特定的TUBB3和TYMP片段肽，腫瘤細胞從癌癥患者獲得的腫瘤組織中收集，并與參照水平進行比較，以確定癌癥患者是否對FOLFIRI+多西紫杉醇/順鉑序貫聯(lián)合治療有積極反應。

Prediction of therapeutic effect of gastric cancer

【技術(shù)實現(xiàn)步驟摘要】
【國外來華專利技術(shù)】胃癌治療效果的預測引言為癌癥患者，特別是胃癌患者提供了改進的治療方法，通過分析來自患者的手術(shù)切除的腫瘤組織，并確定那些最可能對標準化療策略有反應的患者，包括(治療方案1)施用5-氟尿嘧啶/亞葉酸(folinicacid，DeGramont)，與(治療方案2)包括首先施用FOLFIRI方案(伊立替康/5-氟尿嘧啶/亞葉酸)，然后序貫施用多西紫杉醇/順鉑組合的方案。治療方案1包括5FU/LV，而治療方案2包括FOLFIRI+多西紫杉醇/順鉑。更具體地，利用SRM質(zhì)譜法測量從患者腫瘤組織中提取的腫瘤細胞中TUBB3和TYMP蛋白，然后這些測量結(jié)果用于鑒別最有可能對序貫給藥FOLFIRI，隨后聯(lián)合多西紫杉醇/順鉑化療藥物的治療產(chǎn)生反應的癌癥患者，特別是胃癌患者。TUBB3又稱Ⅲ類β-微管蛋白，是細胞微管組裝的重要組成部分，并且還參與調(diào)節(jié)配體結(jié)合。蛋白質(zhì)組學分析表明，與半胱氨酸殘基結(jié)合的許多因子都參與了氧化應激和葡萄糖剝奪反應(glucosedeprivationresponse)。TUBB3已經(jīng)被研究作為一種預后生物標記物和多西紫杉醇及其他類似紫杉烷類化合物耐藥性的指標，其中有報道表明具有較高定量水平的TUBB3是一種預后不良的生物標記物。因此，測定患者癌細胞中TUBB3蛋白的定量表達水平有助于確定癌細胞對多西紫杉醇治療的反應。TYMP又稱胸苷磷酸化酶，是一種由胸腺嘧啶合成dTMP的蛋白質(zhì)，且是dTMP生物合成修復途徑的一部分，它本身也是嘧啶代謝的一部分。TYMP是一種血管生成因子，在體內(nèi)促進血管生成，在體外刺激多種內(nèi)皮細胞的生長。正常情況下，TYMP具有高限制性的靶細胞特異性，僅作用于內(nèi)皮細胞。然而，在某些情況下，TYMP可在腫瘤細胞中異常高表達。TYMP的功能是將5-dFUR轉(zhuǎn)化為5FU，5FU轉(zhuǎn)化為FdUM，P促進5FU抑制TS蛋白的功能，從而阻斷DNA的產(chǎn)生，誘導腫瘤細胞凋亡。TUBB3和TYMP是癌癥患者治療結(jié)果的預后預測因子，因此可以提供關(guān)于癌癥化療治療策略的信息。從患者腫瘤組織中獲得的患者腫瘤細胞中TUBB3和TYMP蛋白表達的存在和/或定量水平是通過使用SRM質(zhì)譜法，定量從每個TUBB3和TYMP全長蛋白的子序列中提取的特定肽來確定的。通過SRM質(zhì)譜法在癌癥患者體內(nèi)存在的癌細胞中檢測到的特定量的TUBB3蛋白水平表明，患者對含多西紫杉醇的化療方案更有可能或更不可能產(chǎn)生積極的反應。通過SRM質(zhì)譜法在癌癥患者體內(nèi)存在的癌細胞中檢測到的特定量的TYMP蛋白水平表明，患者對包括5FU在內(nèi)的化療方案更可能或更不可能產(chǎn)生積極的反應。伊立替康，也被稱為Camptosar，是一種癌癥化療藥物，通過插入與DNA相互作用，從而抑制拓撲異構(gòu)酶I(TOPO1)的進展，TOPO1釋放DNA中的超螺旋進行轉(zhuǎn)錄。阿霉素在破壞DNA復制鏈后穩(wěn)定TOPO1復合物，防止DNA雙螺旋被重新封裝，以終止復制過程。這會阻止癌細胞合成DNA，阻止癌細胞分裂和腫瘤生長。然而，在癌細胞中高表達的TOPO1酶可以克服伊立替康的作用，并對伊立替康的作用產(chǎn)生耐受，使其合成DNA，并促進細胞分裂和腫瘤生長。氟尿嘧啶(5-FU)又稱Adrucil，是一種通過阻斷DNA從而抑制細胞分裂、阻止腫瘤細胞分裂和生長發(fā)揮作用的化療藥物。5-FU有多種作用，但主要作為胸苷酸合成酶(TS)抑制劑。阻斷TS活性會阻礙胸腺嘧啶的合成，而胸腺嘧啶是DNA復制所必需的核苷。胸苷酸合成酶甲基化脫氧尿苷單磷酸(dUMP)以形成胸苷單磷酸(dTMP)。施用5-FU導致dTMP的缺乏，快速分裂的癌細胞由于缺乏胸腺嘧啶而發(fā)生細胞死亡。高水平的胸苷酸合成酶可以克服5-FU的影響，而高水平的胸苷磷酸化酶(TYMP)蛋白可以促進5-FU的活性。多西紫杉醇，又稱多西他賽(taxotere)，是一種半合成的紫杉醇(紫杉酚)類似物。它屬于紫杉烷類藥物。多西紫杉醇以高親和力可逆地與微管結(jié)合、穩(wěn)定微管并防止解聚，從而殺死分裂細胞。細胞微管組裝的這種穩(wěn)定性導致微管形成所需的游離微管蛋白(TUBB3)顯著減少，并導致有絲分裂細胞分裂中期和后期受到抑制，從而阻止癌細胞進一步分裂和腫瘤生長。癌細胞中高表達水平的TUBB3蛋白可以克服多西紫杉醇的影響，從而細胞對多西紫杉醇的作用產(chǎn)生耐受，使其解聚微管組裝，從而促進細胞分裂和腫瘤生長。順鉑，又稱為順氯氨鉑，是一種癌癥化療藥物，它干擾DNA復制，從而阻止細胞分裂，并通過凋亡導致腫瘤細胞死亡。順鉑以幾種不同的方式不可逆地交聯(lián)DNA，干擾有絲分裂細胞的分裂。損傷的DNA引發(fā)DNA修復機制，當修復變得不可能時，DNA修復機制反過來又激活細胞凋亡，從而殺死腫瘤細胞。甲酰四氫葉酸鈣(LV)，也稱為亞葉酸，不具有抗癌活性，但是一種用于減少化療藥物毒性副作用的藥物。LV通過增加5,10-亞甲基四氫葉酸(CH2THF)的細胞內(nèi)池，穩(wěn)定氟脫氧尿苷單磷酸(FdUMP)與胸苷酸合酶的結(jié)合，從而增強胸苷酸合酶(TS)的抑制作用。甲酰四氫葉酸本身幾乎沒有副作用，但當與氟尿嘧啶聯(lián)合使用時，它會加重該藥物的副作用。附圖說明圖1顯示了接受含5FU/LV的治療方案1治療的胃癌群體，使用TUBB3≤750amol/μg和TUBB3>750amol/μg的臨界值(cutoff)時的Kaplan-Meier總生存期(OS)曲線。結(jié)果表明，采用兩種不同的統(tǒng)計顯著性計算方法(Mantel-Cox檢驗p＝0.4744；Gehan-Breslow-Wilcoxon檢驗p＝0.2179)，基于這些TUBB3蛋白水平，對胃癌患者(n＝122)的總生存期沒有統(tǒng)計學顯著性的預測價值。圖2顯示了接受含5FU/LV的治療方案1治療的胃癌群體，使用TYMP≤1335amol/μg和TYMP>1335amol/μg的臨界值時的Kaplan-Meier總生存期(OS)曲線。結(jié)果表明，使用兩種不同的統(tǒng)計顯著性計算方法(Mantel-Cox檢驗p＝0.0185；Gehan-Breslow-Wilcoxon檢驗p＝0.0378)，基于1335amol/μg的TYMP蛋白臨界值水平對胃癌患者(n＝122)的總生存期具有較小但有統(tǒng)計學顯著性的預測價值。圖3顯示了接受包括FOLFIRI隨后施用多西紫杉醇/順鉑的組合的治療方案2治療的胃癌群體，使用TUBB3≤750amol/μg和TUBB3>750amol/μg臨界值時的Kaplan-Meier總生存期(OS)曲線。結(jié)果表明，使用兩種不同的統(tǒng)計顯著性計算方法(Mantel-Cox檢驗p＝0.0382；Gehan-Breslow-Wilcoxon檢驗p＝0.0329)，基于這些TUBB3蛋白水平，對胃癌患者(n＝125)的總生存期具有較小但有統(tǒng)計學顯著性的預測價值。圖4顯示了接受包括FOLFIRI隨后施用多西紫杉醇/順鉑的組合的治療方案2治療的胃癌群體，使用TYMP≤1335amol/μg和TYMP>1335amol/μg臨界值時的Kaplan-Meier總生存期(OS)曲線。結(jié)果表明，采用兩種不同的統(tǒng)計顯著性計算方法(Man本文檔來自技高網(wǎng)...

【技術(shù)保護點】
1.一種治療癌癥患者的方法，包括：/n(a)在從患者獲得的腫瘤組織樣品所制備的蛋白質(zhì)消化物中，量化特定的TUBB3片段肽的水平和量化特定的TYMP片段肽的水平，并通過使用質(zhì)譜法的選擇反應監(jiān)測計算所述樣品中TUBB3和TYMP肽的水平；/n(b)將所述TUBB3片段肽的水平與TUBB3參照水平和所述TYMP片段肽的水平與TYMP參照水平進行比較，以及/n(c)當TUBB3片段肽的水平低于所述TUBB3參照水平時，用包括首先施用FOLFIRI方案(伊立替康/5-氟尿嘧啶/亞葉酸)，然后單獨序貫施用聯(lián)合化療藥物多西紫杉醇和順鉑的治療方案(FOLFIRI+多西紫杉醇/順鉑)治療患者，或/n(d)當TUBB3片段肽的水平高于所述TUBB3參照水平時，用包括不同治療藥物的不同的治療方案治療患者，所述治療方案不同于包括首先施用FOLFIRI方案(伊立替康/5-氟尿嘧啶/亞葉酸)，然后單獨序貫施用聯(lián)合化療藥物多西紫杉醇和順鉑的治療策略(FOLFIRI+多西紫杉醇/順鉑)，或/n(e)當TYMP片段肽的水平高于所述TYMP參照水平時，用包括首先施用FOLFIRI方案(伊立替康/5-氟尿嘧啶/亞葉酸)，然后單獨序貫施用聯(lián)合化療藥物多西紫杉醇和順鉑的治療方案(FOLFIRI+多西紫杉醇/順鉑)治療患者，或/n(f)當TUBB3片段肽的水平低于所述TYMP參照水平時，用包括不同治療藥物的不同的治療方案治療患者，所述治療方案不同于首先施用FOLFIRI方案(伊立替康/5-氟尿嘧啶/亞葉酸)，然后單獨序貫施用聯(lián)合化療藥物多西紫杉醇和順鉑(FOLFIRI+多西紫杉醇/順鉑)。/n...

【技術(shù)特征摘要】
【國外來華專利技術(shù)】20170602 US 62/514,3641.一種治療癌癥患者的方法，包括：
(a)在從患者獲得的腫瘤組織樣品所制備的蛋白質(zhì)消化物中，量化特定的TUBB3片段肽的水平和量化特定的TYMP片段肽的水平，并通過使用質(zhì)譜法的選擇反應監(jiān)測計算所述樣品中TUBB3和TYMP肽的水平；
(b)將所述TUBB3片段肽的水平與TUBB3參照水平和所述TYMP片段肽的水平與TYMP參照水平進行比較，以及
(c)當TUBB3片段肽的水平低于所述TUBB3參照水平時，用包括首先施用FOLFIRI方案(伊立替康/5-氟尿嘧啶/亞葉酸)，然后單獨序貫施用聯(lián)合化療藥物多西紫杉醇和順鉑的治療方案(FOLFIRI+多西紫杉醇/順鉑)治療患者，或
(d)當TUBB3片段肽的水平高于所述TUBB3參照水平時，用包括不同治療藥物的不同的治療方案治療患者，所述治療方案不同于包括首先施用FOLFIRI方案(伊立替康/5-氟尿嘧啶/亞葉酸)，然后單獨序貫施用聯(lián)合化療藥物多西紫杉醇和順鉑的治療策略(FOLFIRI+多西紫杉醇/順鉑)，或
(e)當TYMP片段肽的水平高于所述TYMP參照水平時，用包括首先施用FOLFIRI方案(伊立替康/5-氟尿嘧啶/亞葉酸)，然后單獨序貫施用聯(lián)合化療藥物多西紫杉醇和順鉑的治療方案(FOLFIRI+多西紫杉醇/順鉑)治療患者，或
(f)當TUBB3片段肽的水平低于所述TYMP參照水平時，用包括不同治療藥物的不同的治療方案治療患者，所述治療方案不同于首先施用FOLFIRI方案(伊立替康/5-氟尿嘧啶/亞葉酸)，然后單獨序貫施用聯(lián)合化療藥物多西紫杉醇和順鉑(FOLFIRI+多西紫杉醇/順鉑)。


2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中，所述癌癥是胃癌。


3.根據(jù)權(quán)利要求1或2所述的方法，其中，所述蛋白質(zhì)消化物包括蛋白酶消化物。


4.根據(jù)權(quán)利要求3所述的方法，其中，所述蛋白質(zhì)消化物包括胰蛋白酶消化物。


5.根據(jù)上述權(quán)利要求中任意一項所述的方法，其中，質(zhì)譜法包括串聯(lián)質(zhì)譜法、離子阱質(zhì)譜法、三重四級桿質(zhì)譜法、MALDI-TOF質(zhì)譜法、MALDI質(zhì)譜法、混合離子阱/四級質(zhì)譜法和/或飛行時間質(zhì)譜法。


6.根據(jù)權(quán)利要求5所述的方法，其中，所使用的質(zhì)譜法的模式為選擇反應監(jiān)測(SRM)、多重反應監(jiān)測(MRM)、平行反應監(jiān)測(PRM)、智能選擇反應監(jiān)測(iSRM)和/或多重選擇反應監(jiān)...

【專利技術(shù)屬性】
技術(shù)研發(fā)人員：托德·哈姆布拉夫，法比奧拉·切基，S·施瓦茲，C·邱，
申請(專利權(quán))人：愛科譜迅病理研究公司，
類型：發(fā)明
國別省市：美國;US