一種TTLL12基因新轉錄本的鑒定引物及其方法技術

本發明專利技術屬于生物檢測技術領域，尤其涉及一種TTLL12基因新轉錄本的鑒定引物。本發明專利技術提供的TTLL12基因新轉錄本的鑒定引物，包括針對TTLL12基因特異性的PCR引物。本發明專利技術提供的引物可以用于準確的確定TTLL12基因新轉錄本的基因序列，引物的特異性好，準確性好，提高了檢測效率。

Identification primer of TTLL12 gene novel transcript and method thereof

The invention belongs to the technical field of biological detection, in particular to an identification primer for a novel transcription of the TTLL12 gene. The invention provides an identification primer for a novel transcription of the TTLL12 gene, comprising a PCR primer specific to the TTLL12 gene. The primers provided by the invention can be used for accurately determining the gene sequences of the new transcripts of TTLL12 genes, and the primers have good specificity, good accuracy and improved detection efficiency.

【技術實現步驟摘要】
一種TTLL12基因新轉錄本的鑒定引物及其方法
本專利技術屬于生物檢測
，尤其涉及一種TTLL12基因新轉錄本的鑒定引物及其方法。
技術介紹
微管蛋白酪氨酸連接酶樣(TubulinTyrosineLigaseLikeprotein,TTLL)蛋白家族有14個成員，均含有TTL結構域，具有微管蛋白的翻譯后修飾功能，如酪氨酸化修飾、甘氨酸化修飾(TTLL3、TTLL8、TTLL10)、谷氨酰胺化修飾(TTLL1、TTLL2、TTLL4、TTLL5、TTLL6、TTLL7、TTLL9、TTLL11、TTLL13)，進而影響微管的穩定性。在多種癌細胞中，TTLL蛋白對微管蛋白的修飾功能會被抑制，如在肺癌及乳腺癌細胞中，只能發現豐度很低的谷氨酰胺化微管蛋白。TTLL12是一個十分特別的TTLL蛋白家族成員，它的TTL結構域與其他成員有明顯的差異：特異性TTL結構域的N端序列缺少結合ATP和鎂離子的12個核苷酸序列，還缺少7個保守的結構域中的3個，國內外的最新的研究都表明它的TTL結構域不具備微管蛋白修飾酶的催化功能，其影響微管蛋白修飾的機制還不明確。一個基因在不同的發育階段、分化細胞和生理狀態下，可以通過不同的剪切方式得到不同的mRNA和翻譯產物。每個轉錄本可能發揮著獨特的功能。因此，研究和開發基因的新轉錄本的方法對該基因功能的分析具有重要的作用。CLOCK基因存在2個不同的轉錄本，有研究發現，CLOCK基因與不孕不育、肥胖及脂肪代謝異常、糖尿病、腫瘤、高血壓疾病、急性心肌梗塞(AMI)等病理過程高度相關而且其對沙門氏菌感染抗性中發揮著重要作用。專利文獻CN103436607B公開了雞CLOCK基因不同轉錄本的擴增方法及其引物，該擴增方法是對每個轉錄本序列，設計了轉錄本特異引物，通過反轉錄PCR技術可以擴增出特定的轉錄本，對不同轉錄本功能的分析研究奠定基礎，更有利于CLOCK基因功能的研究，提高CLOCK基因引起的疾病的診斷準確性。例如，為了更一步了解AML1基因的功能，許艾寧等發表了題目為“AML1基因的一種新轉錄的鑒定與克隆”。劉世饒等發表了一篇題目為“一種新的人CNA1基因轉錄本的克隆和功能鑒定”的論文，進一步的分析CNA1基因的功能。然而，目前，尚未見有對TTLL12基因的新轉錄本的報道，不利于TTLL12基因功能的研究和發現。
技術實現思路
為彌補現有技術中存在的缺陷，本專利技術提供一種TTLL12基因新轉錄本的鑒定引物，該引物具有特異性好、靈敏度高等優點，用于準確的確定TTLL12基因一種新轉錄本的基因序列，對TTLL12基因的功能分析和研究具有重要的作用。本專利技術提供一種TTLL12基因新轉錄本的鑒定引物，包括針對TTLL12基因特異性的PCR引物：所述TTLL12基因特異性的PCR引物為：5'-GATTACGCCAAGCTTAGAGCACACAGACGGCGCGGGTG-3'(SEQIDNO.1)。另外，本專利技術還提供了一種TTLL12基因新轉錄本的鑒定方法，包括以下步驟：S1收集培養中的H1299細胞株，提取RNA；S2用特異性的3'-RACECDS引物反轉錄mRNA，形成cDNA鏈；所述反轉錄的條件為：階段1：42℃，90s；階段2：70℃，10min；階段3：4℃，保溫；S3以步驟S2中的cDNA鏈作為模板，用TTLL12基因特異性的PCR引物和UPM通用性引物擴增獲得3'-RACE產物，所述PCR擴增條件包括：階段1：94℃，30s；72℃，3min，5個循環；階段2：94℃，30s；70℃，30s；72℃，3min，5個循環；階段3：94℃，30s；72℃，3min，5個循環；階段4：94℃，30s；70℃，30s；72℃，3min，5個循環；階段5：94℃，30s；68℃，30s；72℃，3min，5個循環；階段6：4℃，保溫；S4將步驟S3的3'-RACE產物進行瓊脂糖電泳，回收3'-RACE產物，連接到載體上，進行一代測序。進一步地，所述步驟S2中的特異性的3'-RACECDS引物為：5'-AAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTAC-3’(SEQIDNO.2)。進一步地，所述步驟S3中的UPM引物的長引物為：5'-CTAATACGACTCACTATAGGGCAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGT-3'(SEQIDNO.3)，所述步驟S3中的UPM引物的短引物為：5'-CTAATACGACTCACTATAGGGC-3'(SEQIDNO.4)。此外，本專利技術還提供了所述的TTLL12基因新轉錄本的鑒定引物在制備檢測TTLL12基因新轉錄本試劑盒中的用途。與現有技術相比，本專利技術的有益效果是：本專利技術提供了一種TTLL12基因新轉錄本的鑒定引物，該引物的特異性好，準確性好，提高了檢測效率。此外，本專利技術還提供了TTLL12基因新轉錄本的鑒定方法，通過使用特異性的引物，具有特異性好、靈敏度高、準確性好等優點，用于準確的確定TTLL12基因一種新轉錄本的基因序列，便于TTLL12基因的研究。附圖說明圖1本專利技術提供的新的TTLL12基因轉錄本的編碼區中，與舊的TTLL12基因轉錄本比較，多出來的108bp序列的測序峰圖具體實施方式以上內容是結合具體的優選實施方式對本專利技術所作的進一步詳細說明，不能認定本專利技術的具體實施只局限于這些說明。對于本專利技術所屬
的普通技術人員來說，在不脫離本專利技術構思的前提下，還可以做出若干簡單推演或替換，都應當視為屬于本專利技術的保護范圍。實施例1、引物專利技術人針對TTLL12基因特異性的PCR引物設計了大量引物，通過引物反應條件的優化和比較，篩選出了特異性好的引物。并同時提供3'-RACECDS特異性引物、GSP引物和UPM引物的長引物和短引物。表1本專利技術提供的引物實施例2、TTLL12基因新轉錄本的鑒定方法S1收集培養中的H1299細胞株，提取RNA；所述肺癌細胞株H1299，購買自中國科學院典型培養物保藏委員會細胞庫；S2用實施例1表1中的特異性的3'-RACECDS引物反轉錄mRNA，形成cDNA鏈；所述反轉錄的條件為：階段1：42℃，90s；階段2：70℃，10min；階段3：4℃，保溫；S3以步驟S2中的cDNA鏈作為模板，用實施例1表1中的TTLL12基因特異性的PCR引物和UPM通用性引物擴增獲得3'-RACE產物，所述PCR擴增條件包括：階段1：94℃，30s；72℃，3min，5個循環；階段2：94℃，30s；70℃，30s；72℃，3min，5個循環；階段3：94℃，30s；72℃，3min，5個循環；階段4：94℃，30s；70℃，30s；72℃，3min，5個循環；階段5：94℃，30s；68℃，30s；72℃，3min，5個循環；階段6：4℃，保溫；S4將步驟S3的3'-RACE產物進行瓊脂糖電泳，回收3'-RACE產物，連接到載體上，進行一代測序，新的TTLL12基因轉錄本的編碼區中，與舊的TTLL12基因轉錄本比較，多出來的108bp序列的測序峰圖如圖1所示。新轉錄本的編碼區堿基序列如下(5’到3’，下劃線加粗部分為多出的108bp)，以下為TTLL12基因新轉錄本多出的108bp的堿基序列：ATGGAGGCCGAGCGGGGT本文檔來自技高網...

【技術保護點】
一種TTLL12基因新轉錄本的鑒定引物，其特征在于，包括針對TTLL12基因特異性的PCR引物：所述TTLL12基因特異性的PCR引物為：5'?GATTACGCCAAGCTTAGAGCACACAGACGGCGCGGGTG?3'。

【技術特征摘要】
1.一種TTLL12基因新轉錄本的鑒定引物，其特征在于，包括針對TTLL12基因特異性的PCR引物：所述TTLL12基因特異性的PCR引物為：5'-GATTACGCCAAGCTTAGAGCACACAGACGGCGCGGGTG-3'。2.如權利要求1所述的TTLL12基因新轉錄本的鑒定方法，其特征在于，包括以下步驟：S1收集培養中的H1299細胞株，提取RNA；S2用特異性的3'-RACECDS引物反轉錄mRNA，形成cDNA鏈；所述反轉錄的條件為：階段1：42℃，90s；階段2：70℃，10min；階段3：4℃，保溫；S3以步驟S2中的cDNA鏈作為模板，采用權利要求1的特異性性引物和UPM通用性引物擴增獲得3'-RACE產物，所述PCR擴增條件包括：階段1：94℃，30s；72℃，3min，5個循環；階段2：94℃，30s；70℃，30s；72℃，3min，5個循環；階段3：94℃，30s；72℃，3min，5個循環；階段4：94...

【專利技術屬性】
技術研發人員：肖瑩瑩，文銳玲，喻長順，
申請(專利權)人：廣州金域醫學檢驗中心有限公司，
類型：發明
國別省市：廣東,44